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土壤微生物多样性分析-16S和ITS高通量测序 已有1人参与
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如题，我的课题是土壤微生物多样性，方法是用的高通量测序细菌16S和真菌ITS。 我的问题是后续分析中，PCoA图和NMDS图都会有加权和不加权的，文章中如果加权和不加权的图都放的话，怎么解释比较好，有相关的文章写得比较好的吗，可以推荐我看看。 |
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小冀-: 金币+5, 鼓励回帖交流 2017-02-15 19:53:39
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2楼2017-02-15 19:41:50
yanlijuan
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lhf903(小冀-代发): 金币+5 2017-04-15 15:55:30
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楼主是用的unifrac作的距离矩阵吗？所以有加权和不加权？随便选一个图就行。PCOA和NMDS也是差不多的unconstrained ordination…RDA是constrained ordination，考虑了处理水平的，不太一样… 发自小木虫IOS客户端 |
3楼2017-02-15 20:12:04
4楼2017-02-15 20:58:02
yanlijuan
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5楼2017-02-15 21:00:41
6楼2017-02-15 22:22:00
yanlijuan
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lhf903(小冀-代发): 金币+6, 鼓励回帖交流 2017-04-15 15:56:17
lhf903(小冀-代发): 金币+6, 鼓励回帖交流 2017-04-15 15:56:17
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基本只用一个…你选一个比较能说明问题的，比如pcoa图里x和y轴的R2数值大一点的，或是你的样品在不同处理下区别大一点的（就是group和group直接距离越远的）！其实，正常情况下，两个图的差别不会太大的。这个得看你的选择。图多了反而不好。如果这两个图差别大，就有意思了，这样你就可以两个都放进去，找到问题所在，然后讨论一下。 发自小木虫IOS客户端 |
7楼2017-02-15 22:33:43
shmilying
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