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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 轨迹文件形式转化问题
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MD初学者

新虫 (初入文坛)

[求助] 轨迹文件形式转化问题

想问一下Gromacs模拟生成的xtc轨迹文件如何转化为nMoldyn可以分析的.nc文件？谢谢。
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1楼 2017-02-14 15:43:46
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缘自阳光

新虫 (初入文坛)
可以试试编程读入xtc轨迹文件，然后按照要求格式写成.nc文件。
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2楼2017-02-14 21:52:48
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MD初学者

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 缘自阳光 at 2017-02-14 21:52:48
可以试试编程读入xtc轨迹文件，然后按照要求格式写成.nc文件。

没有什么软件是直接可以用的吗
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3楼2017-02-15 08:55:06
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缘自阳光

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by MD初学者 at 2017-02-15 08:55:06
没有什么软件是直接可以用的吗...

抱歉我没用过Gromacs,不知道具体有什么软件可用，但lammps和NAMD等轨迹文件都是比较简单的，编程处理一下应该不难。
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4楼2017-02-15 11:34:03
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MD初学者

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 缘自阳光 at 2017-02-15 11:34:03
抱歉我没用过Gromacs,不知道具体有什么软件可用，但lammps和NAMD等轨迹文件都是比较简单的，编程处理一下应该不难。...

嗯，好的，谢谢
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5楼2017-02-15 11:56:33
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MD初学者

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 缘自阳光 at 2017-02-15 11:34:03
抱歉我没用过Gromacs,不知道具体有什么软件可用，但lammps和NAMD等轨迹文件都是比较简单的，编程处理一下应该不难。...

嗯，好的，谢谢
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6楼2017-02-15 20:30:25
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