应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 二面角扫描问题
121/2返回列表12下一页
查看: 2954  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

xida-hg

新虫 (初入文坛)

[求助] 二面角扫描问题 已有1人参与

各位虫友们大家好，我想做一个二面角扫描的势能面，二面角是分子中的5,21,7,22，谁能帮我搞定一下输入文件？谢谢，必有重谢。文件在http://pan.baidu.com/s/1cmsblO
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2017-01-15 22:27:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

ra2ghgzh

木虫 (正式写手)

学痴
引用回帖:
6楼: Originally posted by xida-hg at 2017-01-17 20:33:33
可是我要扫描的是N5-C21-N7-C22啊，这个是吗?如果是，那怎么确定D1和N5-C21-N7-C22二面角是一样的？谢谢...

是的，只不过我把原子序号做了改动。你要的是5-21-7-22，就是连接两个苯环的四个原子，我给改成5-18-19-20了。你想检查的话可以右键view》Builder，然后选择Builder中的右下角的那个图标，它可以显示所有的原子序号。
赞一下(1人) 回复此楼
我永远当不了老板
7楼2017-01-17 20:56:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

ra2ghgzh

木虫 (正式写手)

学痴

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与，应助指数 +1
xida-hg: 金币+200, ★★★很有帮助, 谢谢， 我试一下 2017-01-17 15:47:18
%chk=C:\Users\Administrator\Desktop\0416 scan.chk
#p opt=modredundant b3lyp/6-311++g(d,p) scrf=check  NoSymm

0416 scan

0 1
S              
F                  1            B1
F                  2            B2    1            A1
F                  1            B3    2            A2    3            D1    0
N                  1            B4    2            A3    3            D2    0
H                  5            B5    1            A4    2            D3    0
N                  5            B6    1            A5    6            D4    0
H                  7            B7    5            A6    1            D5    0
O                  7            B8    5            A7    1            D6    0
C                  5            B9    1            A8    7            D7    0
C                 10           B10    5            A9    1            D8    0
C                 11           B11   10           A10    5            D9    0
H                 12           B12   11           A11   10           D10    0
C                 12           B13   11           A12   10           D11    0
H                 14           B14   12           A13   11           D12    0
C                 14           B15   12           A14   11           D13    0
C                 16           B16   14           A15   12           D14    0
H                 17           B17   16           A16   14           D15    0
C                 17           B18   16           A17   14           D16    0
H                 19           B19   17           A18   16           D17    0
C                  5           B20    1           A19    7           D18    0
C                  9           B21    7           A20    5           D19    0
C                 22           B22    9           A21    7           D20    0
C                 23           B23   22           A22    9           D21    0
H                 24           B24   23           A23   22           D22    0
C                 24           B25   23           A24   22           D23    0
H                 26           B26   24           A25   23           D24    0
C                 26           B27   24           A26   23           D25    0
C                 28           B28   26           A27   24           D26    0
H                 29           B29   28           A28   26           D27    0
C                 29           B30   28           A29   26           D28    0
H                 31           B31   29           A30   28           D29    0
C                 28           B32   26           A31   24           D30    0
H                 33           B33   28           A32   26           D31    0
H                 33           B34   28           A33   26           D32    0
H                 33           B35   28           A34   26           D33    0

   B1             7.30257801
   B2             2.17169815
   B3             7.99439459
   B4             2.73715950
   B5             1.02523186
   B6             2.30983557
   B7             1.00947989
   B8             2.28899915
   B9             5.70308328
   B10            1.50107032
   B11            1.39705216
   B12            1.08268067
   B13            1.38418665
   B14            1.08472835
   B15            1.40624352
   B16            1.39968005
   B17            1.07813349
   B18            1.39192201
   B19            1.08278831
   B20            1.35079916
   B21            1.22929624
   B22            1.49105646
   B23            1.39942245
   B24            1.08458022
   B25            1.39175843
   B26            1.08450036
   B27            1.39801308
   B28            1.40219844
   B29            1.08516812
   B30            1.38667293
   B31            1.08273616
   B32            1.50742244
   B33            1.09407236
   B34            1.09117672
   B35            1.09426147
   A1            90.72798859
   A2            15.52914033
   A3            59.82027969
   A4           140.74679589
   A5            62.03293299
   A6           143.75609889
   A7            70.90596617
   A8           108.49158439
   A9             2.13466551
   A10          119.90127573
   A11          120.25514832
   A12          119.90776140
   A13          119.65115015
   A14          120.78928616
   A15          119.18934285
   A16          120.08618369
   A17          119.60467989
   A18          119.09295412
   A19           28.02517633
   A20           30.74579923
   A21          121.77798921
   A22          123.85253476
   A23          121.28686979
   A24          120.37123329
   A25          119.26846242
   A26          121.16547180
   A27          118.06981871
   A28          119.47853655
   A29          121.14810405
   A30          120.83300190
   A31          121.30920367
   A32          111.01679977
   A33          111.53706700
   A34          110.94429311
   D1            59.46882937
   D2            54.16607625
   D3           174.32487375
   D4             2.05698821
   D5            -3.75102337
   D6          -179.02778543
   D7           178.76605268
   D8            49.45934955
   D9            48.68086593
   D10            3.02190855
   D11         -177.45539130
   D12         -179.74498440
   D13            0.10352299
   D14           -0.04990337
   D15         -179.71398316
   D16            0.09525844
   D17         -179.71248157
   D18            0.04458884
   D19         -176.52219780
   D20         -179.30148088
   D21         -160.40236142
   D22            1.45914325
   D23          179.25929663
   D24         -179.34674710
   D25            0.21580437
   D26           -0.63516009
   D27         -179.69417573
   D28            0.15903190
   D29         -179.37175750
   D30          179.61787894
   D31          121.50721798
   D32            0.96794849
   D33         -119.44002794

D * 21 7 * R
D 5 21 7 22 S 18 20.0000000
赞一下 回复此楼
我永远当不了老板
2楼2017-01-16 14:37:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xida-hg

新虫 (初入文坛)
那如果我想做一个刚性的二面角扫描给怎么输入
赞一下 回复此楼
3楼2017-01-17 15:52:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xida-hg

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ra2ghgzh at 2017-01-16 14:37:16
%chk=C:\Users\Administrator\Desktop\0416 scan.chk
#p opt=modredundant b3lyp/6-311++g(d,p) scrf=check  NoSymm

0416 scan

0 1
S              
F                  1            B1
F           ...

那我要做一个刚性的二面角扫面怎么改输入文件
赞一下 回复此楼
4楼2017-01-17 15:53:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ra2ghgzh

木虫 (正式写手)

学痴
引用回帖:
4楼: Originally posted by xida-hg at 2017-01-17 15:53:24
那我要做一个刚性的二面角扫面怎么改输入文件...

%chk=C:\Users\Administrator\Desktop\0416 scan.chk
#p opt=z-matrix b3lyp/6-311++g(d,p) scrf=check nosymm

0416 scan

0 1
S              
F                  1    7.30257801
F                  2    2.17169815    1   90.72798872
F                  1    7.99439459    2   15.52914033    3   59.46882949    0
N                  1    2.73715950    2   59.82027966    3   54.16607626    0
H                  5    1.02523186    1  140.74679581    2  174.32487400    0
C                  5    5.70308328    1  108.49158442    6 -179.17695941    0
C                  7    1.50107032    5    2.13466556    1   49.45935577    0
C                  8    1.39705216    7  119.90127602    5   48.68087177    0
H                  9    1.08268067    8  120.25514799    7    3.02190930    0
C                  9    1.38418665    8  119.90776147    7 -177.45539137    0
H                 11    1.08472835    9  119.65115008    8 -179.74498482    0
C                 11    1.40624352    9  120.78928631    8    0.10352364    0
C                 13    1.39968005   11  119.18934264    9   -0.04990372    0
H                 14    1.07813349   13  120.08618347   11 -179.71398321    0
C                 14    1.39192201   13  119.60468024   11    0.09525852    0
H                 16    1.08278831   14  119.09295426   13 -179.71248170    0
C                  5    1.35079916    1   28.02517615   14 -178.88689831    0
N                 18    1.40963543    5  113.58314433    1 -179.92958859    0
C                 19    1.38346670   18  130.28399647    5                   D1   0
O                 20    1.22929624   19  122.23688714   18    3.78082499    0
H                 21    3.17033000   20  20.424700000   19    4.35025000    0
C                 20    1.49105646   19  115.98171785   18 -176.87974084    0
C                 23    1.39942245   20  123.85253503   19   20.25490550    0
H                 24    1.08458022   23  121.28687000   20    1.45914469    0
C                 24    1.39175843   23  120.37123347   20  179.25929674    0
H                 26    1.08450036   24  119.26846253   23 -179.34674698    0
C                 26    1.39801308   24  121.16547186   23    0.21580544    0
C                 28    1.40219844   26  118.06981879   24   -0.63516061    0
H                 29    1.08516811   28  119.47853696   26 -179.69417543    0
C                 29    1.38667293   28  121.14810355   26    0.15903205    0
H                 31    1.08273616   29  120.83300189   28 -179.37175730    0
C                 28    1.50742244   26  121.30920393   24  179.61787855    0
H                 33    1.09407236   28  111.01679984   26  121.50721752    0
H                 33    1.09117672   28  111.53706672   26    0.96794830    0
H                 33    1.09426147   28  110.94429284   26 -119.44002781    0
variables:
D1 0.0 S 18 20.000000
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

xida-hg
我永远当不了老板
5楼2017-01-17 19:12:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xida-hg

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by ra2ghgzh at 2017-01-17 19:12:14
%chk=C:\Users\Administrator\Desktop\0416 scan.chk
#p opt=z-matrix b3lyp/6-311++g(d,p) scrf=check nosymm

0416 scan

0 1
S              
F                  1    7.30257801
F                ...

可是我要扫描的是N5-C21-N7-C22啊，这个是吗?如果是，那怎么确定D1和N5-C21-N7-C22二面角是一样的？谢谢
赞一下 回复此楼
6楼2017-01-17 20:33:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xida-hg

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by ra2ghgzh at 2017-01-17 20:56:11
是的，只不过我把原子序号做了改动。你要的是5-21-7-22，就是连接两个苯环的四个原子，我给改成5-18-19-20了。你想检查的话可以右键view》Builder，然后选择Builder中的右下角的那个图标，它可以显示所有的原子序号 ...

可以教我怎么改吗
赞一下 回复此楼
8楼2017-01-17 21:57:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ra2ghgzh

木虫 (正式写手)

学痴
引用回帖:
8楼: Originally posted by xida-hg at 2017-01-17 21:57:45
可以教我怎么改吗...

edit》atom list
回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

xida-hg
我永远当不了老板
9楼2017-01-17 22:31:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xida-hg

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
9楼: Originally posted by ra2ghgzh at 2017-01-17 22:31:49
edit》atom list...

谢谢！

发自小木虫Android客户端
回复此楼
10楼2017-01-18 09:35:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xida-hg 的主题更新
121/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭