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quavavav

新虫 (初入文坛)

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专业: 生物大分子结构与功能

[求助] 势能面扫面结果出问题不明原因求助

故事是我想做两个堆叠起来的环状分子的势能面扫描（Relaxed Scan），扫描对象是两个环状分子间的旋转角。因为分子的原子数目有些多，所以先拿两个上下堆叠的苯环试一试。

起始设置：两个苯环上下对齐间距5个单位长度。两苯环中心各有一个Bq原子做旋转的参考轴。固定了一些角度，使两个苯环一直处于平行状态。下面是输入文件。

模拟的结果是两个苯环相互远离，远离至少30个单位后才停下。然后体系按照预定，二面角开始旋转。我不理解这个结果为何这样，难道不应该停在差不多3-5埃的距离后就达到能量最低状态了吗，为什么两个苯分子会离开有近30几个埃的距离呢。

%chk=benzenescan.chk
%nprocshared=16
%mem=20GB
# opt=modredundant hf/6-31g(d) nosymm

Title Card Required

0 1
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C                2.66038781 1.59961031 0.50000000
C                3.86848517 2.29710564 0.50000000
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Bq                2.66038781 2.99460097 0.50000000
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A 3 13 26 F
A 18 26 13 F
A 5 13 26 F
A 14 26 13 F
A 1 13 26 F
D 16 26 13 3 S 6 10.000000

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1楼 2012-05-24 18:15:37

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