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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 请帮我分析一下这个菌液测序结果以及引物设计，谢谢！
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zhangdie

新虫 (初入文坛)

[求助] 请帮我分析一下这个菌液测序结果以及引物设计，谢谢！ 已有2人参与

我是做验证cds全长的pcr，全长1143bp，跑出图一条带，直接送去测序没测出我就做了T载体克隆,挑了十个样跑胶如图二(图里二十个样是因为我第一次做连接转化所以pcr分别用我自己的引物和通用引物做了两组)，送检了两个返回结果NCBI比对都分别是两个什么菌的DNA。

我的引物就是cds前二十和后二十四的反向互补，下游cg含量很低退火温度只有不到五十，升高退火温度就不出条带了。

请问这种情况下产物是什么菌的DNA，是我的连接转化操作中有污染还是应该换引物？如果换引物还能怎么设计？请指教谢谢！

请帮我分析一下这个菌液测序结果以及引物设计，谢谢！


请帮我分析一下这个菌液测序结果以及引物设计，谢谢！-1


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1楼 2017-01-09 21:56:14
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MAS_rice

至尊木虫 (著名写手)
还没解决啊

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竹杖芒鞋轻胜马，谁怕，一蓑烟雨任平生；回首向来萧瑟处，归去，也无风雨也无晴
2楼2017-01-10 00:03:57
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781055707

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
设计跨内含子的引物呗。
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采菊东篱下，悠然见南山。
3楼2017-01-10 08:06:34
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
一般是测序错误，应该是质粒的序列，可能是测序公司水平问题。
测序引物应该距离CDS至少50 bp。
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4楼2017-01-10 11:12:38
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zhangdie

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by MAS_rice at 2017-01-10 00:03:57
还没解决啊

计划是想做5race然后utr区和cds区分别设计引物做巢式，但我是本科生毕设又不是生物专业现在纯靠自己看书百度感觉做5race时间上不太允许了=_=想看看有没有简单点的办法T T

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5楼2017-01-10 15:59:11
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zhangdie

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jurkat.1640 at 2017-01-10 11:12:38
一般是测序错误，应该是质粒的序列，可能是测序公司水平问题。
测序引物应该距离CDS至少50 bp。

我们一直是送华大的。。请问怎么能比对出这个序列是质粒的还是我要的？因为测出的一千三百多bp大小倒是和我条带位置差不多

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6楼2017-01-10 16:06:17
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zhangdie

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jurkat.1640 at 2017-01-10 11:12:38
一般是测序错误，应该是质粒的序列，可能是测序公司水平问题。
测序引物应该距离CDS至少50 bp。

NCBI比了一下，两头比上了就是我那个载体，中间比上的是一种菌

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7楼2017-01-10 16:50:53
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wbhnan

新虫 (初入文坛)
可以这样在cds外端靠外点设计引物扩增然后在设计一对引物再扩测序

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8楼2017-05-09 22:07:29
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