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zhangdie

新虫 (初入文坛)

[求助] 请帮我分析一下这个菌液测序结果以及引物设计,谢谢! 已有2人参与

我是做验证cds全长的pcr,全长1143bp,跑出图一条带,直接送去测序没测出我就做了T载体克隆,挑了十个样跑胶如图二(图里二十个样是因为我第一次做连接转化所以pcr分别用我自己的引物和通用引物做了两组),送检了两个返回结果NCBI比对都分别是两个什么菌的DNA。

我的引物就是cds前二十和后二十四的反向互补,下游cg含量很低退火温度只有不到五十,升高退火温度就不出条带了。

请问这种情况下产物是什么菌的DNA,是我的连接转化操作中有污染还是应该换引物?如果换引物还能怎么设计?请指教谢谢!

请帮我分析一下这个菌液测序结果以及引物设计,谢谢!


请帮我分析一下这个菌液测序结果以及引物设计,谢谢!-1


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781055707

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
设计跨内含子的引物呗。
采菊东篱下,悠然见南山。
3楼2017-01-10 08:06:34
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MAS_rice

至尊木虫 (著名写手)

竹杖芒鞋轻胜马,谁怕,一蓑烟雨任平生;回首向来萧瑟处,归去,也无风雨也无晴
2楼2017-01-10 00:03:57
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
一般是测序错误,应该是质粒的序列,可能是测序公司水平问题。
测序引物应该距离CDS至少50 bp。
4楼2017-01-10 11:12:38
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zhangdie

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by MAS_rice at 2017-01-10 00:03:57
还没解决啊

计划是想做5race然后utr区和cds区分别设计引物做巢式,但我是本科生毕设又不是生物专业现在纯靠自己看书百度感觉做5race时间上不太允许了=_=想看看有没有简单点的办法T T

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5楼2017-01-10 15:59:11
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