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11石宝

新虫 (小有名气)

[求助] 鉴定新种 已有2人参与

哪里做DNA杂交鉴定新种比较靠谱???标准菌株已经购买了,SOS
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二十一业

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
11石宝: 金币+10, ★★★很有帮助 2016-12-27 10:42:17
你咋不直接咨询国家微生物资源平台呢,比如ACCC什么的
另外,这个杂交实验成本。。。。其实最初你都不如做基因组测序,采用数字杂交了。现在分类鉴定认可基因组数字杂交的。
5楼2016-12-23 17:45:59
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liujianmin68

木虫 (职业作家)

努力发展交叉学科

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
11石宝: 金币+10, ★★★很有帮助 2016-12-27 10:42:30
正如楼上说的,最好还是咨询国家微生物资源平台,中国微生物学会微生物资源专业委员会每年都会召开年会,参会的有很多单位都能做这个,但你选择那家做要考虑文章发表时是否会得到认可。另外,象IJSEM杂志现在鼓励通过基因组测序鉴定了,如果你拿到的新种是细菌,还是直接做测序吧,花钱跟找公司做杂交差不了多少钱。
转向地质微生物学
6楼2016-12-25 14:28:06
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zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)

引用回帖:
13楼: Originally posted by 11石宝 at 2016-12-27 12:39:51
genbank上只有该标准菌株Piscinibacter defluvii的16s rDNA序列,也是今年才在IJSEM上发文章,认为是新种菌,我之前买了另一株和我相似最高的标菌Piscinibacter aquaticus,结果采购回来后,发现IJSEM已经发表了菌 ...

构建小片段文库,二代100x测序,每个菌株的原始数据1000~1500RMB就能拿到。做个基因组拼接和简单注释,再花几百块吧

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做一个阳光、开朗的小和尚
14楼2016-12-28 08:54:12
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二十一业

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
11石宝: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2016-12-29 14:16:23
引用回帖:
19楼: Originally posted by 11石宝 at 2016-12-28 13:40:34
目前问过的做测序草图的价格和DNA杂交的价格差不多,Piscinibacter defluvii从韩国进口的,那边的作者发邮件都没有回复的。因为不能确定是否为新种,合理的价格选择方式好像只能先做DNA杂交了。...

你可以选择先做杂交实验
同时你做之前,要考虑一下,做了如果是同种,下游还需要做什么;如果不是同种,下游还需要做什么。
考虑完之后,你才能清楚的知道自己需要做什么
草图价格现在市场价估计是2500-5000不等
21楼2016-12-28 14:01:51
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zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)

引用回帖:
20楼: Originally posted by 11石宝 at 2016-12-28 13:45:20
这个是?能具体科普下么,谢谢。...

一般的高通量测序公司都行吧。我一年前测了三个基因组,基因组大小6Mb多点。二代双端测序,构建了一个400bp小片段文库(每个文库1200RMB),共测了3Gb数据(400RMB/Gb),150X了。自己使用VAGUE(Velvet的图形化界面版)拼接,每个约300 contigs,N50约50kb;又用PROKKA软件进行了简单注释。足够使用了。

最近问几个测序公司,说每个基因组1000RMB就能搞定…

发自小木虫Android客户端
做一个阳光、开朗的小和尚
23楼2016-12-28 14:56:21
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普通回帖

star013

新虫 (知名作家)


2楼2016-12-22 16:16:46
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11石宝

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by star013 at 2016-12-22 16:16:46
我们可以做

你们是什么单位?价格又是?
3楼2016-12-23 09:57:43
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star013

新虫 (知名作家)


北京艾普希隆生物科技有限公司

发自小木虫Android客户端
4楼2016-12-23 11:28:35
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416114799

至尊木虫 (知名作家)

引用回帖:
6楼: Originally posted by liujianmin68 at 2016-12-25 14:28:06
正如楼上说的,最好还是咨询国家微生物资源平台,中国微生物学会微生物资源专业委员会每年都会召开年会,参会的有很多单位都能做这个,但你选择那家做要考虑文章发表时是否会得到认可。另外,象IJSEM杂志现在鼓励通 ...

一般什么情况能判断自己的菌是新种?

发自小木虫Android客户端
做人做事要低调,默默践行心中的梦想.
7楼2016-12-25 14:44:46
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baichi121234

禁虫 (职业作家)

本帖内容被屏蔽

8楼2016-12-25 14:58:27
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11石宝

新虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 二十一业 at 2016-12-23 17:45:59
你咋不直接咨询国家微生物资源平台呢,比如ACCC什么的
另外,这个杂交实验成本。。。。其实最初你都不如做基因组测序,采用数字杂交了。现在分类鉴定认可基因组数字杂交的。

导师希望通过杂交确定是否为新种,因为相似度最高那株标菌也是今年才出来的,相关文献中貌似也没有全基因序列
9楼2016-12-27 10:42:04
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二十一业

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 11石宝 at 2016-12-27 10:42:04
导师希望通过杂交确定是否为新种,因为相似度最高那株标菌也是今年才出来的,相关文献中貌似也没有全基因序列...

你需要确定的是,genebank中是否有与你的物种同类的标准菌株;其次,你购买的标准菌株是否与自己的同种(如果genebank中没有该物种的标准基因组)
我还是建议,首先你自己的菌测草图比对genebank,看是否有同种的,如果没有,那么你买的标准菌株也测个草图,这样比较靠谱。

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10楼2016-12-27 11:15:59
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