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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 鉴定新种
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11石宝

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 二十一业 at 2016-12-23 17:45:59
你咋不直接咨询国家微生物资源平台呢，比如ACCC什么的
另外，这个杂交实验成本。。。。其实最初你都不如做基因组测序，采用数字杂交了。现在分类鉴定认可基因组数字杂交的。

基因组测序不是很贵的吗
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11楼2016-12-27 12:03:41
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11石宝

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
10楼: Originally posted by 二十一业 at 2016-12-27 11:15:59
你需要确定的是，genebank中是否有与你的物种同类的标准菌株；其次，你购买的标准菌株是否与自己的同种（如果genebank中没有该物种的标准基因组）
我还是建议，首先你自己的菌测草图比对genebank，看是否有同种的 ...

测得草图就可以用来确定是否为同一种么?不是用精细图来做ANI确定的么？对这块不是很了解
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12楼2016-12-27 12:24:02
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11石宝

新虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by 二十一业 at 2016-12-27 11:15:59
你需要确定的是，genebank中是否有与你的物种同类的标准菌株；其次，你购买的标准菌株是否与自己的同种（如果genebank中没有该物种的标准基因组）
我还是建议，首先你自己的菌测草图比对genebank，看是否有同种的 ...

genbank上只有该标准菌株Piscinibacter defluvii的16s rDNA序列，也是今年才在IJSEM上发文章，认为是新种菌，我之前买了另一株和我相似最高的标菌Piscinibacter aquaticus，结果采购回来后，发现IJSEM已经发表了菌株Piscinibacter defluvii，而Piscinibacter defluvii和我的菌的16s rDNA相似度更高。之前咨询过草图大概是4000-5000，如果我要测两个菌的草图，还不如做一对DNA杂交划算。
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13楼2016-12-27 12:39:51
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zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)
引用回帖:
13楼: Originally posted by 11石宝 at 2016-12-27 12:39:51
genbank上只有该标准菌株Piscinibacter defluvii的16s rDNA序列，也是今年才在IJSEM上发文章，认为是新种菌，我之前买了另一株和我相似最高的标菌Piscinibacter aquaticus，结果采购回来后，发现IJSEM已经发表了菌 ...

构建小片段文库，二代100x测序，每个菌株的原始数据1000~1500RMB就能拿到。做个基因组拼接和简单注释，再花几百块吧

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11石宝
做一个阳光、开朗的小和尚
14楼2016-12-28 08:54:12
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二十一业

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by 11石宝 at 2016-12-27 12:03:41
基因组测序不是很贵的吗...

基因组草图即可，贵吗？
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15楼2016-12-28 10:23:22
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二十一业

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
12楼: Originally posted by 11石宝 at 2016-12-27 12:24:02
测得草图就可以用来确定是否为同一种么?不是用精细图来做ANI确定的么？对这块不是很了解...

不需要精细图，Illumina平台的50×以上测序深度，denovo拼装即可做ANI鉴定（测序一般问题不大，除非测序公司的拼装技术有限拼得比较碎，不过也不太影响ANI鉴定）
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16楼2016-12-28 10:24:55
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二十一业

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
13楼: Originally posted by 11石宝 at 2016-12-27 12:39:51
genbank上只有该标准菌株Piscinibacter defluvii的16s rDNA序列，也是今年才在IJSEM上发文章，认为是新种菌，我之前买了另一株和我相似最高的标菌Piscinibacter aquaticus，结果采购回来后，发现IJSEM已经发表了菌 ...

不管你做不做DNA杂交实验，你发表分类学文章的话，编辑会要你再测个草图的
所以你自己衡量吧
另外，你做草图测序，如果为了省些钱的话，可以多问几家，然后需要关心的几个问题：
1、测序参数（Illumina平台，深度＞50×，一般都能满足）
2、ANI比对，首先搜库找最近的一些看在全基因组水平是否有一致的物种（genebank中有超过84000个基因组，其中4300左右物种的代表基因组）；如果没有（基本确定新种），那么你可以选择将该属的所有物种代表基因组与自己的菌株都一起计算ANI，这些数据加上你的16s rDNA数据及分析内容，可以罗列一起发文章
3、Piscinibacter defluvii你可以选择测草图更好，不测草图也问题不大（可以商量让该菌株的单位出钱测）
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17楼2016-12-28 10:40:26
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二十一业

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by zhaozhibozhi at 2016-12-28 08:54:12
构建小片段文库，二代100x测序，每个菌株的原始数据1000~1500RMB就能拿到。做个基因组拼接和简单注释，再花几百块吧
...

赞。问一下哪里可以测，哪里可以分析呀
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18楼2016-12-28 10:41:05
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11石宝

新虫 (小有名气)
引用回帖:
17楼: Originally posted by 二十一业 at 2016-12-28 10:40:26
不管你做不做DNA杂交实验，你发表分类学文章的话，编辑会要你再测个草图的
所以你自己衡量吧
另外，你做草图测序，如果为了省些钱的话，可以多问几家，然后需要关心的几个问题：
1、测序参数（Illumina平台，深 ...

目前问过的做测序草图的价格和DNA杂交的价格差不多，Piscinibacter defluvii从韩国进口的，那边的作者发邮件都没有回复的。因为不能确定是否为新种，合理的价格选择方式好像只能先做DNA杂交了。
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19楼2016-12-28 13:40:34
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11石宝

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
14楼: Originally posted by zhaozhibozhi at 2016-12-28 08:54:12
构建小片段文库，二代100x测序，每个菌株的原始数据1000~1500RMB就能拿到。做个基因组拼接和简单注释，再花几百块吧
...

这个是？能具体科普下么，谢谢。
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20楼2016-12-28 13:45:20
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