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1楼 2016-12-22 15:26:57

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二十一业

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11石宝: 金币+10, ★★★很有帮助 2016-12-27 10:42:17

你咋不直接咨询国家微生物资源平台呢，比如ACCC什么的
另外，这个杂交实验成本。。。。其实最初你都不如做基因组测序，采用数字杂交了。现在分类鉴定认可基因组数字杂交的。

5楼2016-12-23 17:45:59

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liujianmin68

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11石宝: 金币+10, ★★★很有帮助 2016-12-27 10:42:30

正如楼上说的，最好还是咨询国家微生物资源平台，中国微生物学会微生物资源专业委员会每年都会召开年会，参会的有很多单位都能做这个，但你选择那家做要考虑文章发表时是否会得到认可。另外，象IJSEM杂志现在鼓励通过基因组测序鉴定了，如果你拿到的新种是细菌，还是直接做测序吧，花钱跟找公司做杂交差不了多少钱。

转向地质微生物学

6楼2016-12-25 14:28:06

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zhaozhibozhi

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13楼: Originally posted by 11石宝 at 2016-12-27 12:39:51
genbank上只有该标准菌株Piscinibacter defluvii的16s rDNA序列，也是今年才在IJSEM上发文章，认为是新种菌，我之前买了另一株和我相似最高的标菌Piscinibacter aquaticus，结果采购回来后，发现IJSEM已经发表了菌 ...

构建小片段文库，二代100x测序，每个菌株的原始数据1000~1500RMB就能拿到。做个基因组拼接和简单注释，再花几百块吧

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11石宝

做一个阳光、开朗的小和尚

14楼2016-12-28 08:54:12

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二十一业

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11石宝: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2016-12-29 14:16:23

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19楼: Originally posted by 11石宝 at 2016-12-28 13:40:34
目前问过的做测序草图的价格和DNA杂交的价格差不多，Piscinibacter defluvii从韩国进口的，那边的作者发邮件都没有回复的。因为不能确定是否为新种，合理的价格选择方式好像只能先做DNA杂交了。...

你可以选择先做杂交实验
同时你做之前，要考虑一下，做了如果是同种，下游还需要做什么；如果不是同种，下游还需要做什么。
考虑完之后，你才能清楚的知道自己需要做什么
草图价格现在市场价估计是2500-5000不等

21楼2016-12-28 14:01:51

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zhaozhibozhi

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20楼: Originally posted by 11石宝 at 2016-12-28 13:45:20
这个是？能具体科普下么，谢谢。...

一般的高通量测序公司都行吧。我一年前测了三个基因组，基因组大小6Mb多点。二代双端测序，构建了一个400bp小片段文库(每个文库1200RMB)，共测了3Gb数据(400RMB/Gb)，150X了。自己使用VAGUE(Velvet的图形化界面版)拼接，每个约300 contigs，N50约50kb；又用PROKKA软件进行了简单注释。足够使用了。

最近问几个测序公司，说每个基因组1000RMB就能搞定…

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做一个阳光、开朗的小和尚

23楼2016-12-28 14:56:21

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我们可以做

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2楼2016-12-22 16:16:46

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2楼: Originally posted by star013 at 2016-12-22 16:16:46
我们可以做

你们是什么单位？价格又是？

3楼2016-12-23 09:57:43

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4楼2016-12-23 11:28:35

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416114799

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6楼: Originally posted by liujianmin68 at 2016-12-25 14:28:06
正如楼上说的，最好还是咨询国家微生物资源平台，中国微生物学会微生物资源专业委员会每年都会召开年会，参会的有很多单位都能做这个，但你选择那家做要考虑文章发表时是否会得到认可。另外，象IJSEM杂志现在鼓励通 ...

一般什么情况能判断自己的菌是新种？

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做人做事要低调,默默践行心中的梦想.

7楼2016-12-25 14:44:46

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baichi121234

禁虫 (职业作家)

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8楼2016-12-25 14:58:27

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11石宝

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5楼: Originally posted by 二十一业 at 2016-12-23 17:45:59
你咋不直接咨询国家微生物资源平台呢，比如ACCC什么的
另外，这个杂交实验成本。。。。其实最初你都不如做基因组测序，采用数字杂交了。现在分类鉴定认可基因组数字杂交的。

导师希望通过杂交确定是否为新种，因为相似度最高那株标菌也是今年才出来的，相关文献中貌似也没有全基因序列

9楼2016-12-27 10:42:04

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二十一业

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9楼: Originally posted by 11石宝 at 2016-12-27 10:42:04
导师希望通过杂交确定是否为新种，因为相似度最高那株标菌也是今年才出来的，相关文献中貌似也没有全基因序列...

你需要确定的是，genebank中是否有与你的物种同类的标准菌株；其次，你购买的标准菌株是否与自己的同种（如果genebank中没有该物种的标准基因组）
我还是建议，首先你自己的菌测草图比对genebank，看是否有同种的，如果没有，那么你买的标准菌株也测个草图，这样比较靠谱。