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jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)

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专业: 凝聚态物性 II ：电子结构

[求助] gromacs运算如何对某些水分子实行位置限制已有1人参与

各位大侠：
假设利用gromacs模拟时共有10个水分子，如果我想对其中的任意几个水分子（比如说，1，3，4个水分子）实行位置限制，可以怎样限制呢？

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分子模拟

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1楼 2016-12-10 20:01:52

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月灯三昧

金虫 (小有名气)

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引用回帖:

6楼: Originally posted by LeeGenuine at 2016-12-27 16:58:14
把这个分子的itp文件copy成两个，修改一下itp文件的，比如A和B，分别对应A.itp和B.itp。在A.itp文件中添加，B.itp中不添加。这样处理后，A和B分子是完全一样的，只是一个位置限定，一个不限定。最后在top文件中最后 ...

最近我也遇到类似的问题，尝试了楼上方式，但是出现了重复定义的报错，请问这可能是什么原因呢？