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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs运算如何对某些水分子实行位置限制
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jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] gromacs运算如何对某些水分子实行位置限制 已有1人参与

各位大侠：
      假设利用gromacs模拟时共有10个水分子，如果我想对其中的任意几个水分子（比如说，1，3，4个水分子）实行位置限制，可以怎样限制呢？
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1楼 2016-12-10 20:01:52
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wbf3ng

金虫 (小有名气)
restrain the selected atoms

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jianjunjiang
2楼2016-12-10 23:04:33
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jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by wbf3ng at 2016-12-10 23:04:33
restrain the selected atoms

谢谢您的回复，可以回答的具体点吗，谢谢！
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3楼2016-12-10 23:07:26
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G、sir

木虫 (小有名气)
分组的时候，把这几个水分子单独定义一个组，freeze住就行了

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jianjunjiang
4楼2016-12-11 00:14:21
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jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by G、sir at 2016-12-11 00:14:21
分组的时候，把这几个水分子单独定义一个组，freeze住就行了

谢谢您的答复，可是freez就把水分子全部限死了，我是想给这些水分子在z方向加一个弹簧势限制
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5楼2016-12-11 18:18:07
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LeeGenuine

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
jianjunjiang: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢您的答复，这样貌似还不行，应为gromacs里面好像水的settle限制只能使用一次 2016-12-31 21:54:32
把这个分子的itp文件copy成两个，修改一下itp文件的[ moleculetypes ]，比如A和B，分别对应A.itp和B.itp。在A.itp文件中添加[ position_restraints ]，B.itp中不添加。这样处理后，A和B分子是完全一样的，只是一个位置限定，一个不限定。 最后在top文件中最后的[ molecules ] 上面堆就好了，比如 A 3; B 5; A 1; B 2，就是把第1、2、3、9个分子位置限定了，其他的不限定。
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博学之，审问之，慎思之，明辨之，笃行之
6楼2016-12-27 16:58:14
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月灯三昧

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by LeeGenuine at 2016-12-27 16:58:14
把这个分子的itp文件copy成两个，修改一下itp文件的，比如A和B，分别对应A.itp和B.itp。在A.itp文件中添加，B.itp中不添加。这样处理后，A和B分子是完全一样的，只是一个位置限定，一个不限定。 最后在top文件中最后 ...

最近我也遇到类似的问题，尝试了楼上方式，但是出现了重复定义的报错，请问这可能是什么原因呢？
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7楼2017-12-17 20:20:12
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