| 查看: 2044 | 回复: 6 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
jianjunjiang铁杆木虫 (正式写手)
|
[求助]
gromacs运算如何对某些水分子实行位置限制 已有1人参与
|
||
|
各位大侠： 假设利用gromacs模拟时共有10个水分子，如果我想对其中的任意几个水分子（比如说，1，3，4个水分子）实行位置限制，可以怎样限制呢？ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 分子模拟 |
» 猜你喜欢
科研人应该花精力去思考如何解决问题，而不是去凝练问题
已经有11人回复
-
要骂人了，新模版改版就是要淡化问题凝练这种虚的东西，结果有个评委还在说凝练得不够
已经有17人回复
-
基金系统什么内容也没有
已经有10人回复
-
学科评审组评审是指会评吗？
已经有5人回复
-
梦想
已经有8人回复
-
面上合作单位盖章
已经有9人回复
-
面上函评意见出来了，像什么等级？
已经有17人回复
-
为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难
已经有14人回复
-
小白求助 投论文要求的highlights应该如何写
已经有4人回复
-
麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上）
已经有12人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 基因测序5年增速500倍！摩尔定律怎么办？
已经有1人回复
- 国家超级计算深圳中心招聘
已经有14人回复
- 分子模拟时间越长越好吗？
已经有44人回复
- 【转帖】一些计算化学相关的免费的在线数据库、分子结构库及工具
已经有109人回复
LeeGenuine
至尊木虫 (正式写手)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 12053.6
- 散金: 296
- 红花: 6
- 帖子: 598
- 在线: 364小时
- 虫号: 1442294
- 注册: 2011-10-14
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
jianjunjiang: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢您的答复，这样貌似还不行，应为gromacs里面好像水的settle限制只能使用一次 2016-12-31 21:54:32
jianjunjiang: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢您的答复，这样貌似还不行，应为gromacs里面好像水的settle限制只能使用一次 2016-12-31 21:54:32
| 把这个分子的itp文件copy成两个，修改一下itp文件的[ moleculetypes ]，比如A和B，分别对应A.itp和B.itp。在A.itp文件中添加[ position_restraints ]，B.itp中不添加。这样处理后，A和B分子是完全一样的，只是一个位置限定，一个不限定。 最后在top文件中最后的[ molecules ] 上面堆就好了，比如 A 3; B 5; A 1; B 2，就是把第1、2、3、9个分子位置限定了，其他的不限定。 |
6楼2016-12-27 16:58:14
wbf3ng
金虫 (小有名气)
- 应助: 116 (高中生)
- 金币: 2086.3
- 红花: 8
- 帖子: 255
- 在线: 171.4小时
- 虫号: 3202097
- 注册: 2014-05-13
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
jianjunjiang2楼2016-12-10 23:04:33
jianjunjiang
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 8344.2
- 散金: 60
- 红花: 1
- 帖子: 932
- 在线: 252.1小时
- 虫号: 509147
- 注册: 2008-02-22
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
3楼2016-12-10 23:07:26
G、sir
木虫 (小有名气)
- 应助: 15 (小学生)
- 金币: 1713.9
- 散金: 194
- 红花: 4
- 帖子: 199
- 在线: 136.5小时
- 虫号: 3081693
- 注册: 2014-03-23
- 专业: 化工热力学和基础数据
4楼2016-12-11 00:14:21
30