应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs运算如何对某些水分子实行位置限制
71/1返回列表
查看: 2160  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] gromacs运算如何对某些水分子实行位置限制 已有1人参与

各位大侠：
      假设利用gromacs模拟时共有10个水分子，如果我想对其中的任意几个水分子（比如说，1，3，4个水分子）实行位置限制，可以怎样限制呢？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子模拟

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2016-12-10 20:01:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wbf3ng

金虫 (小有名气)
restrain the selected atoms

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

jianjunjiang
2楼2016-12-10 23:04:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by wbf3ng at 2016-12-10 23:04:33
restrain the selected atoms

谢谢您的回复，可以回答的具体点吗，谢谢！
赞一下 回复此楼
3楼2016-12-10 23:07:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

G、sir

木虫 (小有名气)
分组的时候，把这几个水分子单独定义一个组，freeze住就行了

发自小木虫IOS客户端
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

jianjunjiang
4楼2016-12-11 00:14:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by G、sir at 2016-12-11 00:14:21
分组的时候，把这几个水分子单独定义一个组，freeze住就行了

谢谢您的答复，可是freez就把水分子全部限死了，我是想给这些水分子在z方向加一个弹簧势限制
赞一下 回复此楼
5楼2016-12-11 18:18:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

LeeGenuine

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
jianjunjiang: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢您的答复，这样貌似还不行，应为gromacs里面好像水的settle限制只能使用一次 2016-12-31 21:54:32
把这个分子的itp文件copy成两个，修改一下itp文件的[ moleculetypes ]，比如A和B，分别对应A.itp和B.itp。在A.itp文件中添加[ position_restraints ]，B.itp中不添加。这样处理后，A和B分子是完全一样的，只是一个位置限定，一个不限定。 最后在top文件中最后的[ molecules ] 上面堆就好了，比如 A 3; B 5; A 1; B 2，就是把第1、2、3、9个分子位置限定了，其他的不限定。
赞一下 回复此楼
博学之，审问之，慎思之，明辨之，笃行之
6楼2016-12-27 16:58:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

月灯三昧

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by LeeGenuine at 2016-12-27 16:58:14
把这个分子的itp文件copy成两个，修改一下itp文件的，比如A和B，分别对应A.itp和B.itp。在A.itp文件中添加，B.itp中不添加。这样处理后，A和B分子是完全一样的，只是一个位置限定，一个不限定。 最后在top文件中最后 ...

最近我也遇到类似的问题，尝试了楼上方式，但是出现了重复定义的报错，请问这可能是什么原因呢？
赞一下 回复此楼
7楼2017-12-17 20:20:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 jianjunjiang 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 uKOSCocCb6Fm 2026-11-13 3/150 2026-11-15 04:16 by xSrQNSSjcgoX
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 uKOSCocCb6Fm 2026-11-12 8/400 2026-11-15 02:26 by xSrQNSSjcgoX
[文学芳草园] 厉娜 +4 张丹枫1991 2026-11-09 6/300 2026-11-15 00:48 by Equinoxhua
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 TZqyNTBa07NP 2026-11-13 3/150 2026-11-14 20:11 by KXypaGgBBlw7
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 1Nb0IVlmV6v0 2026-11-11 4/200 2026-11-13 11:18 by Equinoxhua
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +6 czAiolzR0IJC 2026-11-10 6/300 2026-11-12 16:55 by zzy933268
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 TgvkbZZl9tqB 2026-11-11 4/200 2026-11-12 13:02 by ECLTXnJnRSXf
[基金申请] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 7/350 2026-11-12 11:33 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +5 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 8/400 2026-11-12 11:22 by HajghKOMynmz
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 czAiolzR0IJC 2026-11-10 6/300 2026-11-12 11:00 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 7/350 2026-11-12 10:49 by HajghKOMynmz
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 6/300 2026-11-12 10:30 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 7/350 2026-11-12 10:16 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +6 FChKX8meu1ds 2026-11-09 11/550 2026-11-12 09:57 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 FChKX8meu1ds 2026-11-09 10/500 2026-11-12 09:52 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +7 FChKX8meu1ds 2026-11-09 12/600 2026-11-12 09:43 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 cdqGD6ftHmbl 2026-11-11 3/150 2026-11-12 07:53 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 gRND4NVAZ8VG 2026-11-11 3/150 2026-11-12 07:42 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 czAiolzR0IJC 2026-11-10 5/250 2026-11-12 06:36 by 9fOTqj074tIg
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 0TEMgxdT1eIw 2026-11-09 8/400 2026-11-12 05:00 by 9fOTqj074tIg
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭