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jianjunjiang铁杆木虫 (正式写手)
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gromacs运算如何对某些水分子实行位置限制 已有1人参与
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各位大侠： 假设利用gromacs模拟时共有10个水分子，如果我想对其中的任意几个水分子（比如说，1，3，4个水分子）实行位置限制，可以怎样限制呢？ |
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 分子模拟 |
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jianjunjiang2楼2016-12-10 23:04:33
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【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
jianjunjiang: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢您的答复，这样貌似还不行，应为gromacs里面好像水的settle限制只能使用一次 2016-12-31 21:54:32
jianjunjiang: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢您的答复，这样貌似还不行，应为gromacs里面好像水的settle限制只能使用一次 2016-12-31 21:54:32
| 把这个分子的itp文件copy成两个，修改一下itp文件的[ moleculetypes ]，比如A和B，分别对应A.itp和B.itp。在A.itp文件中添加[ position_restraints ]，B.itp中不添加。这样处理后，A和B分子是完全一样的，只是一个位置限定，一个不限定。 最后在top文件中最后的[ molecules ] 上面堆就好了，比如 A 3; B 5; A 1; B 2，就是把第1、2、3、9个分子位置限定了，其他的不限定。 |
6楼2016-12-27 16:58:14
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7楼2017-12-17 20:20:12