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lusandanooo银虫 (小有名气)
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蛋白的力场参数文件如何生成？ 已有1人参与
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| 最近在用VMD软件做分子动力学模拟，教程里给出了一个蛋白力场参数，但这个参数并不适用于我的蛋白，想知道有没有蛋白通用的力场参数文件？或者根据蛋白模型自动生成力场参数的文件？我看到VMD的fftk插件好像可以生成力场参数，有人会用这个插件能告知详细步骤吗？新手小白看不懂官方教程。 |
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lusandanooo
银虫 (小有名气)
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2楼2016-11-10 14:53:06
lusandanooo
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3楼2016-11-11 09:06:26
lusandanooo
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4楼2016-11-11 10:14:26
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5楼2016-11-11 15:20:19
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送红花一朵 |
我已经找到了合适的力场参数，但运行namd时，出现如下报错，请问该如何修正？ 运行NAMD做分子动力学模拟出现如下错误： TCL: Running for 2500000 steps ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 2684! ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable. ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 2370! ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable. ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 2244! ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable. ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 1362! ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable. ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 146! ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable. ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 1246! ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable. ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 625! ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable. ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 1761! ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable. ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 1796! ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable. ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 68! ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable. ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 739! ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable. ERROR: Exiting prematurely; see error messages above. |
6楼2016-11-11 15:47:38
likun_2008
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8楼2016-11-11 17:27:28
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9楼2016-11-12 00:14:10
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10楼2016-11-14 09:56:45