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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 蛋白的力场参数文件如何生成？
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lusandanooo

银虫 (小有名气)

[求助] 蛋白的力场参数文件如何生成？ 已有1人参与

最近在用VMD软件做分子动力学模拟，教程里给出了一个蛋白力场参数，但这个参数并不适用于我的蛋白，想知道有没有蛋白通用的力场参数文件？或者根据蛋白模型自动生成力场参数的文件？我看到VMD的fftk插件好像可以生成力场参数，有人会用这个插件能告知详细步骤吗？新手小白看不懂官方教程。
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毕了业真开心嘻嘻嘻嘻嘻
1楼 2016-11-10 12:02:06
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lusandanooo

银虫 (小有名气)
2楼2016-11-10 14:53:06
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lusandanooo

银虫 (小有名气)
3楼2016-11-11 09:06:26
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lusandanooo

银虫 (小有名气)
4楼2016-11-11 10:14:26
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likun_2008

铁杆木虫 (正式写手)
gromacs里面有15种力场，可以通过命令处理一下，生成拓扑文件和gro文件

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lusandanooo
互相帮助，互相学习
5楼2016-11-11 15:20:19
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lusandanooo

银虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by likun_2008 at 2016-11-11 15:20:19
gromacs里面有15种力场，可以通过命令处理一下，生成拓扑文件和gro文件

我已经找到了合适的力场参数，但运行namd时，出现如下报错，请问该如何修正？
运行NAMD做分子动力学模拟出现如下错误：
TCL: Running for 2500000 steps
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 2684!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 2370!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 2244!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 1362!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 146!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 1246!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 625!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 1761!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 1796!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 68!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 739!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
ERROR: Exiting prematurely; see error messages above.
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毕了业真开心嘻嘻嘻嘻嘻
6楼2016-11-11 15:47:38
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likun_2008

铁杆木虫 (正式写手)
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7楼2016-11-11 16:47:45
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lusandanooo

银虫 (小有名气)
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8楼2016-11-11 17:27:28
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likun_2008

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by lusandanooo at 2016-11-11 17:27:28
好的，谢谢，验证信息写什么呀...

就说是gromacs分子模拟就好了吧，不记得要验证

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lusandanooo
互相帮助，互相学习
9楼2016-11-12 00:14:10
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lusandanooo

银虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
9楼: Originally posted by likun_2008 at 2016-11-12 00:14:10
就说是gromacs分子模拟就好了吧，不记得要验证
...

恩，已经加了，谢谢你
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毕了业真开心嘻嘻嘻嘻嘻
10楼2016-11-14 09:56:45
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