| 查看: 1714 | 回复: 11 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
lusandanooo银虫 (小有名气)
|
[求助]
蛋白的力场参数文件如何生成？ 已有1人参与
|
|
| 最近在用VMD软件做分子动力学模拟，教程里给出了一个蛋白力场参数，但这个参数并不适用于我的蛋白，想知道有没有蛋白通用的力场参数文件？或者根据蛋白模型自动生成力场参数的文件？我看到VMD的fftk插件好像可以生成力场参数，有人会用这个插件能告知详细步骤吗？新手小白看不懂官方教程。 |
回复此楼» 猜你喜欢
自荐读博
已经有9人回复
-
投稿Elsevier的杂志（返修），总是在选择OA和subscription界面被踢皮球
已经有8人回复
-
自然科学基金委宣布启动申请书“瘦身提质”行动
已经有4人回复
-
求个博导看看
已经有18人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 教程-使用MolCal计算蛋白质-纳米管的半径
已经有1人回复
- 分享gromac的基本步骤，有木有好心人告知MC模拟 用towhee基本步骤
已经有3人回复
- 【转帖】GROMACS分析程序讨论，在gromacs中添加Amber力场
已经有8人回复
- 【转帖】一些计算化学相关的免费的在线数据库、分子结构库及工具
已经有109人回复
likun_2008
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 17 (小学生)
- 金币: 7222.6
- 红花: 8
- 帖子: 585
- 在线: 209.7小时
- 虫号: 1347696
- 注册: 2011-07-16
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
5楼2016-11-11 15:20:19
lusandanooo
银虫 (小有名气)
- 应助: 12 (小学生)
- 金币: 132.1
- 散金: 3
- 红花: 5
- 帖子: 260
- 在线: 96.2小时
- 虫号: 4149251
- 注册: 2015-10-16
- 性别: GG
- 专业: 林产化学
送红花一朵 |
我已经找到了合适的力场参数，但运行namd时，出现如下报错，请问该如何修正？ 运行NAMD做分子动力学模拟出现如下错误： TCL: Running for 2500000 steps ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 2684! ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable. ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 2370! ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable. ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 2244! ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable. ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 1362! ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable. ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 146! ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable. ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 1246! ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable. ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 625! ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable. ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 1761! ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable. ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 1796! ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable. ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 68! ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable. ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 739! ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable. ERROR: Exiting prematurely; see error messages above. |
6楼2016-11-11 15:47:38
likun_2008
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 17 (小学生)
- 金币: 7222.6
- 红花: 8
- 帖子: 585
- 在线: 209.7小时
- 虫号: 1347696
- 注册: 2011-07-16
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
9楼2016-11-12 00:14:10
lusandanooo
银虫 (小有名气)
- 应助: 12 (小学生)
- 金币: 132.1
- 散金: 3
- 红花: 5
- 帖子: 260
- 在线: 96.2小时
- 虫号: 4149251
- 注册: 2015-10-16
- 性别: GG
- 专业: 林产化学
10楼2016-11-14 09:56:45