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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » PCR扩增结果有9个突变位点
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一起来旅行

银虫 (正式写手)

[求助] PCR扩增结果有9个突变位点 已有3人参与

我用的是地方猪的背最长肌的cDNA为模板，2?Taq MasterMix来扩增的CDS区，目的片段1121bp，再连t载体最后菌液pcr后去测序，结果与ncbi上的原始序列比对后，发现了9个突变位点，是不是有点多啊？

@biostar2009 @飞约疯人院 @wizardfan @youlinglyw 发自小木虫Android客户端
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1楼 2016-11-09 17:47:41
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aliaaxmu2016

金虫 (职业作家)
建议重新设计引物再测一次，我这边测长片段都是分成好几段测的，避免把某个前段放在边缘测不准

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8楼2016-11-11 08:01:32
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一起来旅行

银虫 (正式写手)
对了，测序结果的峰也是单峰

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2楼2016-11-09 17:49:09
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aliaaxmu2016

金虫 (职业作家)
★
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-11-11 07:16:31
要看原始测序图AB1文件，就算他给你判读为txt文件了，你也要看，假如在两端有突变是不准确的，你要重新设计引物重新测那一段(末端)

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3楼2016-11-09 17:59:31
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yuhan131481

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2016-11-11 07:16:47
1. 用2×Q5PCRmix或者KAPA HIFI PCRmix扩下试试，这两种酶的保真性是taq酶的100倍。
2. 把DNA序列翻译成氨基酸序列，比对下氨基酸序列，看看是不是同义突变。
3. 确定地方猪与文献的来源一样吗，会不会本来基因就有一定的差异，只不过该基因代表的蛋白功能是相似的。就是蛋白结构域是保守的，功能一样，基因序列有细微差别。
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4楼2016-11-09 18:06:03
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