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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 进化树相关问题
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等我apple

铜虫 (初入文坛)

[交流] 进化树相关问题 已有2人参与

请教大神们，初入生物信息学的菜鸟，表述不准确，请见谅！细菌和真菌建立进化树时一般选择那种方法建树，NJ,ML?还有就是单个菌株建树完毕后，怎么综合起来建树呢？

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1楼 2016-11-01 20:19:41
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等我apple

铜虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by rainboy3529 at 2016-11-01 23:48:06
最常用NJNJ

请问，为什么我的进化树建好后，自检数值很小呢？您可否分析下原因？谢谢

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4楼2016-11-04 22:02:04
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rainboy3529

铁虫 (著名写手)
★
xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-11-02 07:57:46
xn8008: 应助指数+1 2016-11-02 07:57:56
最常用NJNJ

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等我apple
2楼2016-11-01 23:48:06
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等我apple

铜虫 (初入文坛)
为什么我的进化树建好后自检数值非常低呢？

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3楼2016-11-03 22:47:38
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黑藻先生

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
ML一般多用于DNA NJ只是比较快可能蛋白好一些
但是如果你真的要做不建议用MEGA也不建议用NJ 具体请根据你自己数据的情况来定

网上有的是这些算法的比较的文献 稍微看看就会知道


BOOTSTRAP值低说明你序列相似度低 所选的MARKER可能有问题
况且如果你跨原核真核 不一样是很正常的应该
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5楼2016-11-09 22:47:08
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