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肠道16s各区引物 已有3人参与
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请问有没有哪位同学有关于肠道细菌16s各区的常用引物呢？最好能给出对应的序列，谢谢~ |
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2楼2016-10-29 10:45:38
小冀-
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3楼2016-10-30 16:35:25
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北京美亿美生物，为您提供： 常见引物序列及相关数据（复制不能复制表格，我给上传了一份文档版本的） 所属类别 名称 序列5'→3' 长度/bp MW Tm/oC RDP匹配情况—非特异 细菌 8F AGAGTTTGATCATGGCTCAG AGAGTTTGATCCTGGCTCAG AGAGTTTGATCMTGGCTCAG 20 20 20 6125 57.8 21114/690149 112729/706103 147961/836814 27F 27FM AGTTTGATCATGGCTCAG AGTTTGATCCTGGCTCAG AGTTTGATCMTGGCTCAG 18 18 18 5485 55.02 27693/690149 139957/836814 167795/836814 50F AACACATGCAAGTCGAACG ACACATGCAAGTCGAACG AACACATGCAAGTCGAAC ACACATGCAAGTCGAAC 19 18 18 17 125623/690149 148982/706103 25951/690149 145627/690149 338F ACTCCTACGGGAGGCAGC 18 482403/706103 341F CCTACGGGAGGCAGCAG 17 5239 54 561521/836814 357F CTCCTACGGGAGGCAGCAG 19 481725/706103 517F GCCAGCAGCCGCGGTAA 17 5200 54 499021/706103 CAGCAGCCGCGGTAATAC 18 460959/706103 ACTCCTACGGGAGGCAGCAG 20 480068/706103 968F AACGCGAAGAACCTTAC 17 227055/706103 1055F ATGGCTGTCGTCAGCT 16 198160/706103 341R CTGCTGCCTCCCGTAGG 17 5164 54 561521/836814 513R CGCGGCTGCTGGCACGTA 18 245632/706103 517R TTACCGCGGCTGCTGGC 17 54 585412/836814 518R ATTACCGCGGCTGCTGG 17 545228/836814 519R GTATTACCGCGGCTGCTG 18 53 541216/836814 907R CCGTCAATTCCTTTGAGTTT CCGTCAATTCATTTGAGTTT CCGTCAATTCMTTTGAGTTT CCGTCAATTCCTTTAAGTTT CCGTCAATTCATTTAAGTTT CCGTCAATTCMTTTRAGTTT 20 20 20 19 306382/ 706103 56371/706103 2707/690149 116/690149 TGAATTGACGGGGGCCCG 1066R ACATTTCACAACACGAGCTG 20 21273/706103 γ-Proteobacteria特异性 1330R TAGCGATTCCGACTTCA 17 89082/706103 1385R CGGTGTGTACAAGACCC 17 46267/706103 1392R ACGGGCGGTGTGTAC 15 4632 56.3 196284/690149 1401R CGGTGTGTACAAGACCC 17 46267/706103 1492R ACGGATACCTTGTTACGACTT GTTACCTTGTTACGACTT GCTACCTTGTTACGACTT GHTACCTTGTTACGACTT 18 18 5435 50.5 30582/706103 52362/706103 1495R CTACGGCTACCTTGTTACGA 20 6045 57.8 10129/690149 1513R TACGGTTACCTTGTTACGACTT CGGTTACCTTGTTACGACTT TACGGTTACCTTGTTACG ACGGTTACCTTGTTACGA CGGTTACCTTGTTACGAC GGTTACCTTGTTACGACT GTTACCTTGTTACGACTT TTACCTTGTTACGACTT GTTACCTTGTTACGACT 22 20 18 18 18 18 18 17 17 10033/690149 13181/706103 10268/706103 12207/706103 13266/706103 29502/706103 30582/706103 34392/706103 30687/706103 1521R AAGGAGGTGATCCAGCC 17 5225 57.0 13792/706103 放线菌 Act243F GGATGAGCCCGCGGCCTA 18 8519/706103-115 341F CCTACGGGAGGCAGCAG 17 51252/66797 357F CTCCTACGGGAGGCAGCAG 19 41992/54945- 439732 Act513R CCGCGGCTGCTGGCACGTA 19 39303/54945-206008 Act704R TCTGCGCATTTCACCGCTAC 20 23525/54945-5812 古菌 A21F TTCCGGTTGATCCTGCCGGA 20 2899/34593-1 A21F-2 CCGGTTGATCCTGCCGGA 18 4227/34593-1 A21F-3 CGGTTGATCCTGCCGGA 17 4316/34593-1 A25F CTGGTTGATCCTGCCAG 17 976/34593-0 A109F ACCGCTCAGTAACACGT ACTGCTCAGTAACACGT ACTGCTCAGTAACACG CTGCTCAGTAACACGT CTGCTCAGTAACACG 17 17 16 16 15 446/33890 4192/33890 4371/33890 4227/33890 4406/33890 A112F GCTCAGTAACACGTGG 16 9898/34593 -6 A333F TCCAGGCCCTACGGGG 16 9024/34593-1 A533F TGCCAGCCGCCGCGGTAA 18 15551/34593-2176 A856F TAAAAGGAATTGGCGGGGGA 20 34/34593-0 A934R GTGCTCCCCCGCCAATTCCT GTGCTCCCCCGCCAATTCC TGCTCCCCCGCCAATTCCT GCTCCCCCGCCAATTCCT GTGCTCCCCCGCCAATTC 20 19 19 18 18 17658/34593-15 17758/34593-15 19404/34593-15 19591/34593-19 17815/34593-15 A1354R TGACGGGCGGTGTGTGCAAG 20 2709/34593-21793 真菌 NS1F GTAGTCATATGCTTGTCTC (19~38) CCAGTAGTCATATGCTTGTC (17~36) 19 20 47 8973/279,862 8048 ？ ATCAATGTCTTCGGACTCTT (222~241) ？ CTGCCTTCCTTGGATGTGGT (407~426) NS2R GGCTGCTGGCACCAGACTTG (反向，与NS3 互补) 20 58 34765/279,862 NS3F CAAGTCTGGTGCCAGCAGCC (554~573) 20 58 2656 NS4R CTTCCGTCAATTCCTTTAAG (反向，与NS5互补) 20 48 NS5F CTTAAAGGAATTGACGGAAG (1131~1150) 20 48 NS6R GCATCACAGACCTGTTATTGCCTC (反向，与NS7互补) CAGACCTGTTATTGCCTC 24 18 57 48 NS7F GAGGCAATAACAGGTCTG ATAACAGGTCTGTGATGC GAGGCAATAACAGGTCTGTGATGC (1412~1436) 18 18 24 48 46 57 17364 NS8R TCCGCAGGTTCACCTACGGA (1769~1788) GCAGGTTCACCTACGGA 20 17 56 49 4324 EF4F GGAAGGGRTGTATTTATTAG GGAAGGGATGTATTTATTAG GGAAGGGGTGTATTTATTAG 20 20 20 2656 3036 fung5R GTAAAAGTCCTGGTTCC 17 3257 EF3R TCCTCTAAATGACCAAGTTTG 21 fung ATTCCCCGTTACCCGTTG 18 FF1 AACTTAAAGGAATTGACGGAAG 22 FR1 GCATCACAGACCTGTTATTGCCTC 24 ITS1F TCCGTAGGTGAACCTGCGG 19 ITS4R TCCTCCGCTTATTGATATGC 20 GC clamp CGCCCGCCGCGCCCCGCGCCCGTCCCGCCGCCCCCGCCCG CGCCCGCCGCGCCCCGCGCCCGGCCCGCCGCCCCCGCCCC CGCCCGCCGCGCGCGGCGGGCGGGGCGGGGGCACGGGGGG 40 40 40 Muzyer MW=A碱基数×312＋C碱基数×288＋G碱基数×328＋T碱基数×303－61。 R＝A／G，Y＝C／T，M＝A／C，K＝G／T，S＝C／G，W＝A／T，H＝A／C／T，B＝C／G／T，V＝A／C／G，D＝A / G / T，N=A／C／G / T。 古菌域包括嗜泉古菌界（Crenarchaeota）、广域古菌界（Euryarchaeota）和初生古菌界（Korarchaeota）；细菌域包括细菌、放线菌、蓝细菌和各种除古菌以外的其它原核生物；真核生物域包括真菌、原生生物、动物和植物。 Nuclear Primers - 18S rRNA Name Primer Sequence Tm NS1 GTAGTCATATGCTTGTCTC 49 CNS1 GAGACAAGCATATGACTACTG 55 NS2 GGCTGCTGGCACCAGACTTGC 65 GCAAGTCTGGTGCCAGCAGCC NS3 GCAAGTCTGGTGCCAGCAGCC 65 NS4 CTTCCGTCAATTCCTTTAAG {62} NS5 AACTTAAAGGAATTGACGGAAG 55 NS6 GCATCACAGACCTGTTATTGCCTC {72} NS7 GAGGCAATAACAGGTCTGTGATGC {72} NS8 TCCGCAGGTTCACCTACGGA 59 TW9 TAAGCCATGCATGTCT TW10 GCGGTAATTCCAGCTCC TW11 GGAGTGGAGCCTGCGGCT TW12 AAGTCGTAACAAGGTTT 53 CTW12 AAACCTTGTTACGACTT 53 NS17 CATGTCTAAGTTTAAGCAA 55 NS18 CTCATTCCAATTACAAGACC 60 NS19 CCGGAGAAGGAGCCTGAGAAAC 74 NS20 CGTCCCTATTAATCATTACG 61 NS21 GAATAATAGAATAGGACG 50 NS22 AATTAAGCAGACAAATCACT 57 NS23 GACTCAACACGGGAAACTC 64 NS24 AAACCTTGTTACGACTTTTA 58 NS25 GTGGTAATTCTAGAGCTAATACT CNS25 ATGTATTAGCTCTAGAATTACCAC NS26 CTGCCCTATCAACTTTCGA CNS26 TCGAAAGTTGATAGGGCAG NS1.5R TCTAGAGCTAATACATGC(T/C)G 52 NS2.8R GGCCCTCAAATCTAAGGATT 53 CNS2.8R AATTTGCGCGCCTGCTGCAA 57 NS3.2R CGTATATTAAAATTGTTGAC 45 CNS3.3R GACTACGAGCTTTTTAACGT 51 CNS3.5R TTTCGCAGTAGTTTGTCTTA 49 NS3.6R CAAACTACTGCGAAAGCATC 53 CNS3.6R AATGAAGTCATCCTTGGCAG 53 Forward Primer Forward Matches Reverse Primer Reverse Matches Both Matches 27F AGTTTGATCATGGCTCAG 18772 519R GTATTACCGCGGCTGCTG 126165 13876 50F ACACATGCAAGTCGAACG 112962 519R GTATTACCGCGGCTGCTG 178696 83485 50F+1 AACACATGCAAGTCGAACG 98064 519R GTATTACCGCGGCTGCTG 170568 71556 341F CCTACGGGAGGCAGCAG 148260 907R CCGTCAATTCCTTTGAGTT 122091 114093 |
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2016-10-31 09:40:53, 149.72 K
4楼2016-10-31 09:40:54
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