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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 肠道16s各区引物
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想不出啊

新虫 (小有名气)

[交流] 肠道16s各区引物 已有3人参与

请问有没有哪位同学有关于肠道细菌16s各区的常用引物呢？最好能给出对应的序列，谢谢~
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给岁月以文明，给时光以生命
1楼 2016-10-29 10:19:01
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无知的小强

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
可以去测序公司的网站看看，我看过诺禾致源的，有常用的引物

发自小木虫Android客户端
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Behind the mask is an idea, and ideas are bulletproof.
2楼2016-10-29 10:45:38
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小冀-

版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
一般测序公司都可以查得到的
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···
3楼2016-10-30 16:35:25
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美亿美生物

捐助贵宾 (职业作家)

技术服务-实验代做
商家已经主动声明此回帖可能含有宣传内容
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
北京美亿美生物，为您提供：
常见引物序列及相关数据（复制不能复制表格，我给上传了一份文档版本的）

所属类别        名称        序列5'→3'        长度/bp        MW        Tm/oC        RDP匹配情况—非特异
细菌        8F        AGAGTTTGATCATGGCTCAG
AGAGTTTGATCCTGGCTCAG
AGAGTTTGATCMTGGCTCAG        20
20
20        6125        57.8        21114/690149
112729/706103
147961/836814
        27F

27FM        AGTTTGATCATGGCTCAG
AGTTTGATCCTGGCTCAG
AGTTTGATCMTGGCTCAG        18
18
18        5485        55.02        27693/690149
139957/836814
167795/836814
        50F        AACACATGCAAGTCGAACG
ACACATGCAAGTCGAACG
AACACATGCAAGTCGAAC
ACACATGCAAGTCGAAC        19
18
18
17                        125623/690149
148982/706103
25951/690149
145627/690149
        338F        ACTCCTACGGGAGGCAGC        18                        482403/706103
        341F        CCTACGGGAGGCAGCAG        17        5239        54        561521/836814
        357F        CTCCTACGGGAGGCAGCAG        19                        481725/706103
        517F        GCCAGCAGCCGCGGTAA        17        5200        54        499021/706103
                CAGCAGCCGCGGTAATAC        18                        460959/706103
                ACTCCTACGGGAGGCAGCAG        20                        480068/706103
        968F        AACGCGAAGAACCTTAC        17                        227055/706103
        1055F        ATGGCTGTCGTCAGCT        16                        198160/706103
        341R        CTGCTGCCTCCCGTAGG        17        5164        54        561521/836814
        513R        CGCGGCTGCTGGCACGTA        18                        245632/706103
        517R        TTACCGCGGCTGCTGGC        17                54        585412/836814
        518R        ATTACCGCGGCTGCTGG        17                        545228/836814
        519R        GTATTACCGCGGCTGCTG        18                53        541216/836814
        907R        CCGTCAATTCCTTTGAGTTT
CCGTCAATTCATTTGAGTTT
CCGTCAATTCMTTTGAGTTT
CCGTCAATTCCTTTAAGTTT
CCGTCAATTCATTTAAGTTT
CCGTCAATTCMTTTRAGTTT        20
20

20
19
                        306382/ 706103
56371/706103

2707/690149
116/690149

                TGAATTGACGGGGGCCCG                               
        1066R        ACATTTCACAACACGAGCTG        20                        21273/706103 γ-Proteobacteria特异性
        1330R        TAGCGATTCCGACTTCA        17                        89082/706103
        1385R        CGGTGTGTACAAGACCC        17                        46267/706103
        1392R        ACGGGCGGTGTGTAC        15        4632        56.3        196284/690149
        1401R        CGGTGTGTACAAGACCC        17                        46267/706103
        1492R        ACGGATACCTTGTTACGACTT
GTTACCTTGTTACGACTT
GCTACCTTGTTACGACTT
GHTACCTTGTTACGACTT       
18
18       
5435       
50.5       
30582/706103
52362/706103
        1495R        CTACGGCTACCTTGTTACGA        20        6045        57.8        10129/690149
        1513R        TACGGTTACCTTGTTACGACTT
CGGTTACCTTGTTACGACTT
TACGGTTACCTTGTTACG
ACGGTTACCTTGTTACGA
CGGTTACCTTGTTACGAC
GGTTACCTTGTTACGACT
GTTACCTTGTTACGACTT
TTACCTTGTTACGACTT
GTTACCTTGTTACGACT        22
20
18
18
18
18
18
17
17                        10033/690149
13181/706103
10268/706103
12207/706103
13266/706103
29502/706103
30582/706103
34392/706103
30687/706103
        1521R        AAGGAGGTGATCCAGCC        17        5225        57.0        13792/706103
放线菌        Act243F        GGATGAGCCCGCGGCCTA        18                        8519/706103-115
        341F        CCTACGGGAGGCAGCAG        17                        51252/66797
        357F        CTCCTACGGGAGGCAGCAG        19                        41992/54945- 439732
        Act513R        CCGCGGCTGCTGGCACGTA        19                        39303/54945-206008
        Act704R        TCTGCGCATTTCACCGCTAC        20                        23525/54945-5812
古菌        A21F        TTCCGGTTGATCCTGCCGGA        20                        2899/34593-1
        A21F-2        CCGGTTGATCCTGCCGGA        18                        4227/34593-1
        A21F-3        CGGTTGATCCTGCCGGA        17                        4316/34593-1
        A25F        CTGGTTGATCCTGCCAG        17                        976/34593-0
        A109F        ACCGCTCAGTAACACGT
ACTGCTCAGTAACACGT
ACTGCTCAGTAACACG
CTGCTCAGTAACACGT
CTGCTCAGTAACACG        17
17
16
16
15                        446/33890
4192/33890
4371/33890
4227/33890
4406/33890
        A112F        GCTCAGTAACACGTGG        16                        9898/34593 -6
        A333F        TCCAGGCCCTACGGGG        16                        9024/34593-1
        A533F        TGCCAGCCGCCGCGGTAA        18                        15551/34593-2176
        A856F        TAAAAGGAATTGGCGGGGGA        20                        34/34593-0
        A934R        GTGCTCCCCCGCCAATTCCT
GTGCTCCCCCGCCAATTCC
TGCTCCCCCGCCAATTCCT
GCTCCCCCGCCAATTCCT
GTGCTCCCCCGCCAATTC        20
19
19
18
18                        17658/34593-15
17758/34593-15
19404/34593-15
19591/34593-19
17815/34593-15
        A1354R        TGACGGGCGGTGTGTGCAAG        20                        2709/34593-21793
真菌        NS1F        GTAGTCATATGCTTGTCTC (19~38)
CCAGTAGTCATATGCTTGTC (17~36)        19
20                47
        8973/279,862
8048
        ？        ATCAATGTCTTCGGACTCTT (222~241)                               
        ？        CTGCCTTCCTTGGATGTGGT (407~426)                               
        NS2R        GGCTGCTGGCACCAGACTTG (反向，与NS3 互补)        20                58        34765/279,862
        NS3F        CAAGTCTGGTGCCAGCAGCC (554~573)        20                58        2656
        NS4R        CTTCCGTCAATTCCTTTAAG (反向，与NS5互补)        20                48       
        NS5F        CTTAAAGGAATTGACGGAAG (1131~1150)        20                48       
        NS6R        GCATCACAGACCTGTTATTGCCTC (反向，与NS7互补)
CAGACCTGTTATTGCCTC        24
18                57
48       
        NS7F        GAGGCAATAACAGGTCTG
ATAACAGGTCTGTGATGC
GAGGCAATAACAGGTCTGTGATGC (1412~1436)        18
18
24                48
46
57        17364

        NS8R        TCCGCAGGTTCACCTACGGA (1769~1788)
GCAGGTTCACCTACGGA        20
17                56
49        4324
        EF4F        GGAAGGGRTGTATTTATTAG
GGAAGGGATGTATTTATTAG
GGAAGGGGTGTATTTATTAG        20
20
20                       
2656
3036
        fung5R        GTAAAAGTCCTGGTTCC        17                        3257
        EF3R        TCCTCTAAATGACCAAGTTTG        21                       
        fung        ATTCCCCGTTACCCGTTG        18                       
        FF1        AACTTAAAGGAATTGACGGAAG        22                       
        FR1        GCATCACAGACCTGTTATTGCCTC        24                       
        ITS1F        TCCGTAGGTGAACCTGCGG        19                       
        ITS4R        TCCTCCGCTTATTGATATGC        20                       
        GC clamp        CGCCCGCCGCGCCCCGCGCCCGTCCCGCCGCCCCCGCCCG
CGCCCGCCGCGCCCCGCGCCCGGCCCGCCGCCCCCGCCCC
CGCCCGCCGCGCGCGGCGGGCGGGGCGGGGGCACGGGGGG        40
40
40                        Muzyer
MW=A碱基数×312＋C碱基数×288＋G碱基数×328＋T碱基数×303－61。
R＝A／G，Y＝C／T，M＝A／C，K＝G／T，S＝C／G，W＝A／T，H＝A／C／T，B＝C／G／T，V＝A／C／G，D＝A / G / T，N=A／C／G / T。
古菌域包括嗜泉古菌界（Crenarchaeota）、广域古菌界（Euryarchaeota）和初生古菌界（Korarchaeota）；细菌域包括细菌、放线菌、蓝细菌和各种除古菌以外的其它原核生物；真核生物域包括真菌、原生生物、动物和植物。
Nuclear Primers - 18S rRNA
Name        Primer Sequence        Tm
NS1        GTAGTCATATGCTTGTCTC        49
CNS1        GAGACAAGCATATGACTACTG        55
NS2        GGCTGCTGGCACCAGACTTGC

        65
        GCAAGTCTGGTGCCAGCAGCC       
NS3        GCAAGTCTGGTGCCAGCAGCC        65
NS4        CTTCCGTCAATTCCTTTAAG        {62}
NS5        AACTTAAAGGAATTGACGGAAG        55
NS6        GCATCACAGACCTGTTATTGCCTC        {72}
NS7        GAGGCAATAACAGGTCTGTGATGC        {72}
NS8        TCCGCAGGTTCACCTACGGA        59
TW9        TAAGCCATGCATGTCT       
TW10        GCGGTAATTCCAGCTCC       
TW11        GGAGTGGAGCCTGCGGCT       
TW12        AAGTCGTAACAAGGTTT        53
CTW12        AAACCTTGTTACGACTT        53
NS17        CATGTCTAAGTTTAAGCAA        55
NS18        CTCATTCCAATTACAAGACC        60
NS19        CCGGAGAAGGAGCCTGAGAAAC        74
NS20        CGTCCCTATTAATCATTACG        61
NS21        GAATAATAGAATAGGACG        50
NS22        AATTAAGCAGACAAATCACT        57
NS23        GACTCAACACGGGAAACTC        64
NS24        AAACCTTGTTACGACTTTTA        58
NS25        GTGGTAATTCTAGAGCTAATACT       
CNS25        ATGTATTAGCTCTAGAATTACCAC       
NS26        CTGCCCTATCAACTTTCGA       
CNS26        TCGAAAGTTGATAGGGCAG       
NS1.5R        TCTAGAGCTAATACATGC(T/C)G        52
NS2.8R        GGCCCTCAAATCTAAGGATT        53
CNS2.8R        AATTTGCGCGCCTGCTGCAA        57
NS3.2R        CGTATATTAAAATTGTTGAC        45
CNS3.3R        GACTACGAGCTTTTTAACGT        51
CNS3.5R        TTTCGCAGTAGTTTGTCTTA        49
NS3.6R        CAAACTACTGCGAAAGCATC        53
CNS3.6R        AATGAAGTCATCCTTGGCAG        53


                                      
Forward Primer        Forward Matches        Reverse Primer        Reverse Matches        Both Matches
27F        AGTTTGATCATGGCTCAG        18772        519R        GTATTACCGCGGCTGCTG        126165        13876
50F        ACACATGCAAGTCGAACG        112962        519R        GTATTACCGCGGCTGCTG        178696        83485
50F+1        AACACATGCAAGTCGAACG        98064        519R        GTATTACCGCGGCTGCTG        170568        71556
341F        CCTACGGGAGGCAGCAG        148260        907R        CCGTCAATTCCTTTGAGTT        122091        114093
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  • 附件 1 : 常见引物序列及相关数据.pdf
    • 2016-10-31 09:40:53, 149.72 K
4楼2016-10-31 09:40:54
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