| 查看: 2790 | 回复: 7 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
wanlichuan木虫 (著名写手)
|
[交流]
药物分子对接时大家是怎么处理水分子的？
|
||
| 请问在做药物分子和蛋白质分子对接的时候（用各种软件，如sybyl、MOE、Schrodinger、discovery studio等等），蛋白质晶体结构中的水分子要怎么处理？全部删掉吗？看文献上说要区分强键结合的水分子（tightly-bound,bridging water molecules）和弱键结合的水分子（loosely-bound water molecules，或仅作溶剂的水分子），前者最好别删，那该怎么区分这两种水分子呢？仅靠观察有没有氢键是不行的。通过看文献，来保留其中具体提到的某蛋白质中的一两个强键水分子是可行的，但不具有普遍性，有时候也不一定都有文献讨论。大家是怎么做的？希望指点一二。谢谢。 |
回复此楼» 猜你喜欢
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有18人回复
-
为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难
已经有12人回复
-
有没有仍没收到信息的
已经有3人回复
-
导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！
已经有8人回复
-
基金不中，共勉
已经有11人回复
-
麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上）
已经有9人回复
-
2026年叶企孙基金
已经有6人回复
-
国自然面上复盘~欢迎讨论
已经有13人回复
-
基金系统什么内容也没有
已经有9人回复
-
怎么查啊
已经有6人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 请问在做药物分子对接时药物分子结构文件的准备
已经有9人回复
8楼2016-10-13 19:57:19
autodockytu 
捐助贵宾 (小有名气)
- 应助: 46 (小学生)
- 金币: 163.8
- 散金: 1021
- 红花: 5
- 帖子: 201
- 在线: 39.1小时
- 虫号: 1792292
- 注册: 2012-05-03
- 性别: GG
- 专业: 兽医学
2楼2016-08-31 16:13:58
wanlichuan
木虫 (著名写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 2224.9
- 散金: 89
- 红花: 2
- 帖子: 1044
- 在线: 144.5小时
- 虫号: 500376
- 注册: 2008-02-13
- 专业: 量子化学
3楼2016-08-31 16:37:47
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
wanlichuan: 金币+10, 谢谢，非常感谢。 2016-09-02 08:49:55
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
wanlichuan: 金币+10, 谢谢，非常感谢。 2016-09-02 08:49:55
 本帖仅楼主可见 |
4楼2016-09-02 08:07:52
