应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 药物分子对接时大家是怎么处理水分子的？
81/1返回列表
查看: 2888  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

wanlichuan

木虫 (著名写手)

[交流] 药物分子对接时大家是怎么处理水分子的？

请问在做药物分子和蛋白质分子对接的时候（用各种软件，如sybyl、MOE、Schrodinger、discovery studio等等），蛋白质晶体结构中的水分子要怎么处理？全部删掉吗？看文献上说要区分强键结合的水分子（tightly-bound,bridging water molecules）和弱键结合的水分子（loosely-bound water molecules，或仅作溶剂的水分子），前者最好别删，那该怎么区分这两种水分子呢？仅靠观察有没有氢键是不行的。通过看文献，来保留其中具体提到的某蛋白质中的一两个强键水分子是可行的，但不具有普遍性，有时候也不一定都有文献讨论。大家是怎么做的？希望指点一二。谢谢。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
多谢月相怜，今宵不忍圆。
1楼 2016-08-31 15:59:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

autodockytu

捐助贵宾 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
wanlichuan: 金币+2 2016-08-31 16:38:00
除非特殊作用机制，一般删除
赞一下 回复此楼
2楼2016-08-31 16:13:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wanlichuan

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by autodockytu at 2016-08-31 16:13:58
除非特殊作用机制，一般删除

非常感谢你的答复。
“特殊作用机制”是不是主要指和蛋白质分子存在强相互作用？怎么判断是不是存在“特殊作用机制”呢？
赞一下 回复此楼
多谢月相怜，今宵不忍圆。
3楼2016-08-31 16:37:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (正式写手)

不要再问DS了。
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
wanlichuan: 金币+10, 谢谢，非常感谢。 2016-09-02 08:49:55
本帖仅楼主可见
赞一下
4楼2016-09-02 08:07:52
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

autodockytu

捐助贵宾 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
wanlichuan: 金币+2 2016-09-03 07:21:57
引用回帖:
3楼: Originally posted by wanlichuan at 2016-08-31 16:37:47
非常感谢你的答复。
“特殊作用机制”是不是主要指和蛋白质分子存在强相互作用？怎么判断是不是存在“特殊作用机制”呢？...

一般都是普通机制，选择删除即可
赞一下 回复此楼
5楼2016-09-02 11:29:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wanlichuan

木虫 (著名写手)
哦，谢谢。
回复此楼
多谢月相怜，今宵不忍圆。
6楼2016-09-03 07:20:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mugua听雨

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
在moe中非结合水需要删除

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
一蓑烟雨任平生
7楼2016-09-25 00:40:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

吴丰旭

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
不是关键的水分子的话，一般都是删除

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
8楼2016-10-13 19:57:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 wanlichuan 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 uKOSCocCb6Fm 2026-11-13 3/150 2026-11-15 04:16 by xSrQNSSjcgoX
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 FChKX8meu1ds 2026-11-09 8/400 2026-11-15 00:35 by Equinoxhua
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +5 YHiw1gou1Eda 2026-11-10 8/400 2026-11-14 22:51 by Equinoxhua
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +6 FChKX8meu1ds 2026-11-09 9/450 2026-11-14 22:39 by Equinoxhua
[考研] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 7/350 2026-11-14 21:58 by Equinoxhua
[考博] 27博士 +6 锦鲤送福至 2026-11-10 6/300 2026-11-14 21:23 by xupeii
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 XJXMuRjD7cK7 2026-11-13 3/150 2026-11-14 13:02 by KXypaGgBBlw7
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 9/450 2026-11-13 11:13 by Equinoxhua
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 6/300 2026-11-12 11:22 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 4/200 2026-11-12 11:22 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 8/400 2026-11-12 10:27 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 7/350 2026-11-12 10:16 by HajghKOMynmz
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 6/300 2026-11-12 10:16 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 YHiw1gou1Eda 2026-11-10 6/300 2026-11-12 10:14 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +7 FChKX8meu1ds 2026-11-09 9/450 2026-11-12 10:03 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +8 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 12/600 2026-11-12 09:32 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 TgvkbZZl9tqB 2026-11-11 4/200 2026-11-12 08:15 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 FChKX8meu1ds 2026-11-09 7/350 2026-11-12 05:19 by 9fOTqj074tIg
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 8/400 2026-11-12 05:08 by 9fOTqj074tIg
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 4/200 2026-11-12 02:23 by 9fOTqj074tIg
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭