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wanlichuan木虫 (著名写手)
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[交流]
药物分子对接时大家是怎么处理水分子的？
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| 请问在做药物分子和蛋白质分子对接的时候（用各种软件，如sybyl、MOE、Schrodinger、discovery studio等等），蛋白质晶体结构中的水分子要怎么处理？全部删掉吗？看文献上说要区分强键结合的水分子（tightly-bound,bridging water molecules）和弱键结合的水分子（loosely-bound water molecules，或仅作溶剂的水分子），前者最好别删，那该怎么区分这两种水分子呢？仅靠观察有没有氢键是不行的。通过看文献，来保留其中具体提到的某蛋白质中的一两个强键水分子是可行的，但不具有普遍性，有时候也不一定都有文献讨论。大家是怎么做的？希望指点一二。谢谢。 |
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wanlichuan
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