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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 药物分子对接时大家是怎么处理水分子的？
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wanlichuan

木虫 (著名写手)

[交流] 药物分子对接时大家是怎么处理水分子的？

请问在做药物分子和蛋白质分子对接的时候（用各种软件，如sybyl、MOE、Schrodinger、discovery studio等等），蛋白质晶体结构中的水分子要怎么处理？全部删掉吗？看文献上说要区分强键结合的水分子（tightly-bound,bridging water molecules）和弱键结合的水分子（loosely-bound water molecules，或仅作溶剂的水分子），前者最好别删，那该怎么区分这两种水分子呢？仅靠观察有没有氢键是不行的。通过看文献，来保留其中具体提到的某蛋白质中的一两个强键水分子是可行的，但不具有普遍性，有时候也不一定都有文献讨论。大家是怎么做的？希望指点一二。谢谢。
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多谢月相怜，今宵不忍圆。
1楼 2016-08-31 15:59:53
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匿名

用户注销 (正式写手)

不要再问DS了。
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
wanlichuan: 金币+10, 谢谢，非常感谢。 2016-09-02 08:49:55
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4楼2016-09-02 08:07:52
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autodockytu

捐助贵宾 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
wanlichuan: 金币+2 2016-08-31 16:38:00
除非特殊作用机制，一般删除
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2楼2016-08-31 16:13:58
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wanlichuan

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by autodockytu at 2016-08-31 16:13:58
除非特殊作用机制，一般删除

非常感谢你的答复。
“特殊作用机制”是不是主要指和蛋白质分子存在强相互作用？怎么判断是不是存在“特殊作用机制”呢？
赞一下 回复此楼
多谢月相怜，今宵不忍圆。
3楼2016-08-31 16:37:47
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autodockytu

捐助贵宾 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
wanlichuan: 金币+2 2016-09-03 07:21:57
引用回帖:
3楼: Originally posted by wanlichuan at 2016-08-31 16:37:47
非常感谢你的答复。
“特殊作用机制”是不是主要指和蛋白质分子存在强相互作用？怎么判断是不是存在“特殊作用机制”呢？...

一般都是普通机制，选择删除即可
赞一下 回复此楼
5楼2016-09-02 11:29:36
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