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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 求助关于电子密度图
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booy

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助关于电子密度图 已有2人参与

各位大神，不知是否有人画过氨基酸的电子密度图，如下图所示。我找了好多软件来画，都搞不定，pymol研究了半天也没有搞清楚，不知道是否有高手可以指点？非常感谢！

求助关于电子密度图
aadensity.png
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1楼 2016-08-22 18:04:25
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booy

新虫 (初入文坛)
★
xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-10-30 10:03:45
我看软件里面只有mesh都不是电子密度图，而且关键是都太胖了，不是这种图中的瘦的。
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2楼2016-08-22 18:06:16
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黑藻先生

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-08-28 08:22:20
xn8008: 应助指数+1 2016-10-30 10:03:53
xn8008: 应助指数+1 2016-10-30 10:04:36
pymol VMD好像都能画#很久以前画过#
你画出来太胖什么的是不是没有调参数？具体参数可以设定值大值小的，调整“胖瘦”

用pymol的话你摁Esc看一下参数列表，可能里面有相关设定的参数，改一下数值试试
如果不行的话试试VMD吧
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

booy
3楼2016-08-24 16:06:12
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booy

新虫 (初入文坛)
★
xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-08-28 08:25:24
谢谢，在研究，一直没有满意的图。

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4楼2016-08-27 21:37:32
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booy

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
xn8008: 欢迎发帖交流 2016-08-28 08:25:30
引用回帖:
3楼: Originally posted by 黑藻先生 at 2016-08-24 16:06:12
pymol VMD好像都能画#很久以前画过#
你画出来太胖什么的是不是没有调参数？具体参数可以设定值大值小的，调整“胖瘦”

用pymol的话你摁Esc看一下参数列表，可能里面有相关设定的参数，改一下数值试试
如果不行 ...

谢谢回复

发自小木虫Android客户端
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5楼2016-08-27 21:38:56
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duanjifu520

铜虫 (正式写手)
★
xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-08-28 08:25:37
pymol很好用 加载好pdbpdb和ccp4的密度图后 isomesh 然后里边有几个参数可以设置 详细信息可以参考 pypymol wikiwiki

发自小木虫IOS客户端
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6楼2016-08-28 00:44:54
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闲来小译

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-10-30 10:04:45
xn8008: 应助指数+1 2016-10-30 10:04:52
http://www.pymolwiki.org/index.php/Display_CCP4_Maps
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7楼2016-08-28 08:24:39
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lemonvivi

新虫 (小有名气)
★
xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-10-30 10:04:58
引用回帖:
7楼: Originally posted by 闲来小译 at 2016-08-28 08:24:39
http://www.pymolwiki.org/index.php/Display_CCP4_Maps

请问，你用pymol是不是很熟呀，可以相互学习吗
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8楼2016-10-29 11:29:25
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闲来小译

金虫 (正式写手)
★
xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-10-30 10:05:03
引用回帖:
8楼: Originally posted by lemonvivi at 2016-10-29 11:29:25
请问，你用pymol是不是很熟呀，可以相互学习吗...

也算不上熟吧。文章作图比较常用的
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9楼2016-10-30 02:13:07
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