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求助关于电子密度图
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booy
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求助关于电子密度图
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各位大神,不知是否有人画过氨基酸的电子密度图,如下图所示。我找了好多软件来画,都搞不定,pymol研究了半天也没有搞清楚,不知道是否有高手可以指点?非常感谢!
aadensity.png
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1楼
2016-08-22 18:04:25
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2016-10-30 10:03:45
我看软件里面只有mesh都不是电子密度图,而且关键是都太胖了,不是这种图中的瘦的。
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2楼
2016-08-22 18:06:16
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2016-08-28 08:22:20
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2016-10-30 10:04:36
pymol VMD好像都能画#很久以前画过#
你画出来太胖什么的是不是没有调参数?具体参数可以设定值大值小的,调整“胖瘦”
用pymol的话你摁Esc看一下参数列表,可能里面有相关设定的参数,改一下数值试试
如果不行的话试试VMD吧
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booy
3楼
2016-08-24 16:06:12
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2016-08-28 08:25:24
谢谢,在研究,一直没有满意的图。
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4楼
2016-08-27 21:37:32
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2016-08-28 08:25:30
引用回帖:
3楼
:
Originally posted by
黑藻先生
at 2016-08-24 16:06:12
pymol VMD好像都能画#很久以前画过#
你画出来太胖什么的是不是没有调参数?具体参数可以设定值大值小的,调整“胖瘦”
用pymol的话你摁Esc看一下参数列表,可能里面有相关设定的参数,改一下数值试试
如果不行 ...
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5楼
2016-08-27 21:38:56
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2016-08-28 08:25:37
pymol很好用 加载好pdbpdb和ccp4的密度图后 isomesh 然后里边有几个参数可以设置 详细信息可以参考 pypymol wikiwiki
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6楼
2016-08-28 00:44:54
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2016-10-30 10:04:52
http://www.pymolwiki.org/index.php/Display_CCP4_Maps
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7楼
2016-08-28 08:24:39
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7楼
:
Originally posted by
闲来小译
at 2016-08-28 08:24:39
http://www.pymolwiki.org/index.php/Display_CCP4_Maps
请问,你用pymol是不是很熟呀,可以相互学习吗
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8楼
2016-10-29 11:29:25
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8楼
:
Originally posted by
lemonvivi
at 2016-10-29 11:29:25
请问,你用pymol是不是很熟呀,可以相互学习吗...
也算不上熟吧。文章作图比较常用的
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9楼
2016-10-30 02:13:07
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