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[求助]
绘制“轨道的电子密度差图”，求sobereva专家指导
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本人曾发帖“如何做某个MO的Δρ图”求助，求教zhou2009老师在“关于HF、H2O的电荷计算”帖子里使用的“某个MO的Δρ图”如何用Multiwfn绘制。我已经和zhou老师联系了，他给我解释了该图的意义，但是因为zhou老师出差中，不方便指导当前Multiwfn版本(2.6.1)下的具体操作，特此求sobereva专家指导上述“轨道的Δρ图”如何绘制。 下面具体叙述一下我的问题： 1.“关于HF、H2O的电荷计算”帖子里的图5、图9等，“某个MO的Δρ图”如何绘制。 2.在与周老师的交流中我了解到，对于一个较大的分子，拿一个MO来划分分子片，也许不合理，不知是否适用。 周老师关于上述Δρ图的意义的详细解释： 这里提到的Δρ，是指的MO2的ρ与这两个原子参与组成MO2的原子轨道的ρ。 当时应是这样操作的：在Multiwfn中，可以先选择HF分子的MO2，求它的ρ。此后选择HF分子的MO2，而将HF分子分成两个分子片，分别求分子片的ρ。这时两个分子片的ρ，它不是自由原子的，而是MO2中的、是取了MO2中系数的。MO2的ρ，与MO2中这两个分子片的ρ之差，就是这两个分子片的重叠密度。相差时分子片上的密度抵消了，只剩下分子片构成MO2的重叠密度部分。 因为通常作密度差是分子与各自由原子的，现在是MO与组成中的分子片的，故称之为另一种Δρ。这种Δρ是专门看重叠密度的。可能还没有人这么用过，只是当时为说明问题的需要这么用了。 |
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sobereva
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
zhou2009: 金币+10 2013-03-26 15:30:52
klaus1987: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 太感谢了！有详细的步骤最好了。 2013-03-26 15:42:52
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zhou2009: 金币+10 2013-03-26 15:30:52
klaus1987: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 太感谢了！有详细的步骤最好了。 2013-03-26 15:42:52
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这种图叫做密度差图或者片段密度差图其实都不妥当，很容易引起歧义。这种图实际上是在指定轨道中的片段间的重叠密度图。 这里以H2O为例，绘制MO2的这种图。两个片段分别定义为O1和两个氢。 首先，需要把指定轨道中的指定片段的波函数信息保存出wfn文件。 启动Multiwfn然后依次输入 H2O.wfn -3 //只保留某个片段的信息。其它原子的信息从波函数中去掉 1 //此片段只含一个原子 1 //氧原子在当前体系中的编号 6 //修改波函数 26 //修改轨道占据数。当前体系全部5个MO中只保留MO2的占据数不变，而将其它轨道占据数都设为0就达到了我们的目的 1 //选择1号MO 0 //将之占据数清零 3-5 //选择3,4,5号MO 0 //将之占据数清零 00 //返回上一级菜单 0 //保存成新的波函数文件为当前目录下的new.wfn。 然后手动将new.wfn改名为frag1.wfn。此文件中就只包含了MO2，且其中只含有氧原子的信息。然后接着把两个氢的片段保存出一个波函数文件。 重启Multiwfn然后依次输入 o //输入字母o即载入上一次载入的波函数文件 -3 2 //此片段包含两个原子 2 //第一个氢的编号 3 //第二个氢的编号 6 26 1 0 3-5 0 00 0 此时MO2中的两个氢的片段的波函数信息就保存到了new.wfn当中 现在作图，重启Multiwfn并输入 o 6 //还是先只把除了MO2的轨道的占据数都清零 26 1 0 3-5 0 00 -1 //返回主菜单 4 //作平面图 0 //设定自定运算 2 //当前波函数要与两个片段相运算 -,frag1.wfn //frag1.wfn的属性将要从当前波函数中被减掉 -,new.wfn //new.wfn的属性将要从当前波函数中被减掉 1 //电子密度 2 //等值线图 直接按回车用默认设定 3 //绘制YZ平面 0 //X=0 得到的图如下所示  |
2楼2013-03-26 15:19:34
3楼2013-03-26 15:47:10
