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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 求助高手设计一或两对引物
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wlfly

金虫 (小有名气)

[求助] 求助高手设计一或两对引物

序列如下，需要做下sanger测序验证，验证的点在中间，比较着急，求助高手，不胜感激。需要一对或者两对质量比较好的引物。
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1楼 2016-08-15 13:29:47
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wlfly

金虫 (小有名气)
★
xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-08-17 08:36:57
GAGACTACTAGCAAAATATACAGCAGAGGAATTGGATCTTCTGAAGCTTAAGGTCAAATGACAAGTACCTGTAACAGGTGGAACTTCTGGCTTTTTAGGAAGCACCAGTGTTTTCTTTTCTGGCACAATTTCTTGTGGGACTTCAGGCACTTGAAAGATATTAGTAGTTTTTCACTTAGGTTAATGAGACAAATGGAGTAAAATATTTCTAAGATCAGAAGAGATATTTCTTCTGCAGAAAAAGGACAGGGGTAAAAAATACCTGTGGCAGGTGGGGCTTCTGGTTTTGTGGGAGGAGCCTTAGGAACTTTCTTTTCTGGGACAACTTCTTGAGCTTCAGGCACTTGAAAGATATTAGTAGTTTTAGACTTAAGTTAATGAAGAGAAATGGGCTAAAATTGTTTACAGTAGGAGAGGAGATATCTCTTCTGCAGAATGAAGTCAGGGCTAAAGTGTACCTGGGACAATCGGAGCTTCTGGTTTTTTGGGTGGAGCCACGGGAATTTCTTTTTCTGCGGCTTCTTGAGGAACTTCTGGCACTTGAAAGATATTAGTAGTTTTATACTTAGGTTAATGAAGAGGAATGGACTAAAATTGTTTTCAGGAATGGAAGAGAGATTTCTTCTGCAGGATAAGGTTGAGCTGACATGTACCTGTAACTGCGGGGGCTTCTGGTTTTTTGATTGGTGCCTTGGGAATTTTCTTTTCTGGGACAACTTCTTGAGCAGCTTCAGGCACTTGAAAGATATTAGTATTTTTATAATTTATGAATGGTGAAGGTATATATTACAGTGATTGTGAGGGGTACAGACGATAAGTTTTTCTTAGCAGAGGAGAGGGAATAAATACCTTTTGCACGTGGGGCTTCCGGTTTTTTGGGCACAGCCACAGATGCTTTCTTTTCAAGTACAACTTCTTTAGGAGCTTCAGGAACTTTGAAGATATTAGTATCTTTTAGTTAGAAGCTATAAAGGGGGAATATCGACTCCACATTTACCCAA
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2楼2016-08-15 13:30:01
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choujiaoqi

铁杆木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
xn8008: 欢迎发帖交流 2016-08-17 08:37:05
nono2009: 应助指数-1, 无效应助 2016-08-18 07:18:07
xn8008: 应助指数+1 2016-08-27 15:41:04
楼主说的这个我不是很懂，可以参考下别人的
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3楼2016-08-16 09:12:57
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werq63

金虫 (著名写手)
★
xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-08-17 08:37:11
好多连续的T,测序会比较困难

发自小木虫Android客户端
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4楼2016-08-17 00:01:36
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sandyes

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wlfly: 金币+2, ★有帮助, 虽然blast不好，但还是非常感谢。 2016-08-18 15:07:13
不知道你提供的序列是不是全序列，下面是我设计的两条序列，你看看能不能用吧
SeqF:  5'-TCTGCGGCTTCTTGAGGAAC-3'
SeqR:  5'-CGCAGTTACAGGTACATGTC-3'
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5楼2016-08-17 14:22:26
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wlfly

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by sandyes at 2016-08-17 14:22:26
不知道你提供的序列是不是全序列，下面是我设计的两条序列，你看看能不能用吧
SeqF:  5'-TCTGCGGCTTCTTGAGGAAC-3'
SeqR:  5'-CGCAGTTACAGGTACATGTC-3'

谢谢你，但是我试着blast了一下，>chr2:179527118+179527270 153bp TCTGCGGCTTCTTGAGGAAC CGCAGTTACAGGTACATGTC
TCTGtGGCTTCTTGAGGAACttctggcacttgaaagatattagtagtttt
atacttaggttaatgaagaggaatggactaaaattgttttcaggaatgga
agagagatttcttctgcaggataaggttgagctGACATGTACCTGTAACT
GCG
>chr2:179522857+179523009 153bp TCTGCGGCTTCTTGAGGAAC CGCAGTTACAGGTACATGTC
TCTGCGGCTTCTTGAGGAACttctggcacttgaaagatattagtagtttt
atacttaggttaatgaagaggaatggactaaaattgttttcaggaatgga
agagagatttcttctgcaggataaggttgagctGACATGTACCTGTAACT
GCG
>chr2:179518597+179518749 153bp TCTGCGGCTTCTTGAGGAAC CGCAGTTACAGGTACATGTC
TCTGCGGCTTCTTGAGGAACttctggcacttgaaagatattagtagtttt
atacttaggttaatgaagaggaatggactaaaattgttttcaggaatgga
agagagatttcttctgcaggataaggttgagctGACATGTACCTGTAACT
GCG
好像不行，不过还是非常感谢。
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6楼2016-08-18 15:06:41
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wlfly

金虫 (小有名气)
继续求助，只要能扩出来chr2：179522846这个位置就行。GRCh37/hg19
序列长度2000bp以内就可以，因为设计的几段引物总是blast不好，有重复序列，所以比较棘手，求助高手，已经增加悬赏金币。
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7楼2016-08-18 15:10:10
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