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zhangxf2014

新虫 (小有名气)

[求助] 定量PCR 已有3人参与

刚开始做定量PCR,用的SYBR染料法,阴性对照(只加水)总是有扩增,Ct值都在35以下。之后换实验室、换水、换枪,引物重新合成,试剂也是新开的,但是还是存在阴性扩增,电泳检测,NTC条带和目的基因的一致。现在用UDG试剂做的,问题仍然无法解决,实在想不通是什么原因?实验室有个老师半个月就把定量做完了,我这都做了2个月了。求大神赐教啊!!!
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zhangxf2014

新虫 (小有名气)

2楼2016-08-07 18:14:26
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-08-07 22:13:31
xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-08-08 08:30:18
我觉得是引物的原因,试过重新设计引物吗?
3楼2016-08-07 18:58:29
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zhangxf2014

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by stone2239 at 2016-08-07 18:58:29
我觉得是引物的原因,试过重新设计引物吗?

试过,但是效果不好,有双峰。也重新合成过,但是NTC还是存在。。。
4楼2016-08-07 19:01:17
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zhangxf2014

新虫 (小有名气)

5楼2016-08-07 19:57:49
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vanchy

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
建议吧把NTC的扩增片段连接到T质粒中送测序,看一下到底扩增出来的是什么片段。如果是目的片段,则你的环境或试剂还是有污染。
6楼2016-08-08 09:07:44
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skull123

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
污染可能存在以下几个方面:
1、以前有人做过你所扩增的片段的扩增,导致整个环境中到处都是。
2、扩增的时候自己没有注意好,导致环境、试剂、枪头等污染了目的扩增片段。
即使用了UDG,因为如果不是最开始就用这个的话,是无法防止污染的。因为UDG的原理导致它不能解决使用前所发生的污染,只能解决它自身体系的污染。
实验室污染解决的办法:如果是整个大环境污染,每天晚上用5%的84消毒液雾化消毒,超净台、离心机转子等关键仪器用10%84消毒液全部擦拭,第二天早晨再用清水擦洗环境,大约经过一个星期后,应该可以让ct值降到37、38甚至没有,提dna和提rna都别开超净台风机(不开风机提取核酸完全没问题的,而且如果污染,超净台上面的那层滤网上面估计富集了很多目的片段)、枪头用带滤芯的枪头,EP管直接用商家处理好的。等等。
解决污染是一个非常痛苦的过程,因为整个环境中都是84消毒液的味道是很难闻的一件事。我的实验室每天都在坚持,但是还是经常阴性对照的ct值在35之后起来。

其实最好的方法是找一个没有做过你的基因相关的实验室,用全新的试剂来做这个实验,并且刚开始就使用UDG防污染体系。
7楼2016-08-08 10:24:43
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zhangxf2014

新虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by skull123 at 2016-08-08 10:24:43
污染可能存在以下几个方面:
1、以前有人做过你所扩增的片段的扩增,导致整个环境中到处都是。
2、扩增的时候自己没有注意好,导致环境、试剂、枪头等污染了目的扩增片段。
即使用了UDG,因为如果不是最开始就用 ...

非常感谢!我觉得不是环境污染,因为也在那个老师的实验室做过,他NTC没有,我的都扩出来了。

发自小木虫Android客户端
8楼2016-08-08 10:44:08
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781055707

木虫 (著名写手)

引物原因
采菊东篱下,悠然见南山。
9楼2016-08-08 11:24:24
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zhangxf2014

新虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 781055707 at 2016-08-08 11:24:24
引物原因

引物也重新合成过,但是做出来的还是一样。不会做之前就污染了吧?

发自小木虫Android客户端
10楼2016-08-08 12:19:36
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