| 查看: 1664 | 回复: 11 | ||
有你就足够木虫 (正式写手)
|
[求助]
NAMD怎么给PDB文件添加一个酸性环境 已有2人参与
|
|
各位大神，小弟最近因为实验要求，需要补充一些数据，需要用NAMD，做一些不同PH条件下（比如PH为1,3,5,7等）的蛋白质分子动力学模拟，先前实验室一个早已经毕业的师兄做过。看他的论文，是用VMD中的Psfgen加氢的，但是小弟折腾了挺长时间的，还是不会，特意来向大神求助啊。 还有，NAMD默认能量最小化，默认的是共轭梯度法，我看毕业师兄的论文，采用的是最徒下降法和共轭梯度法结合的使用，步骤是:首先限制蛋白质中的重原子，对氢原子、水和抗衡离子进行 5 ps 的能量最小化，然后解除对蛋白质中重原子的限制对整个系统进行 20 ps 的能量最小化。我想知道大神们都是怎么做的啊。  |
回复此楼» 猜你喜欢
309求调剂
已经有9人回复
-
环境科学与工程334分求调剂
已经有4人回复
-
085404求调剂，总分309，本科经历较为丰富
已经有6人回复
-
285求调剂
已经有5人回复
-
求化学调剂
已经有7人回复
-
材料工程专硕求调剂
已经有4人回复
-
317求调剂
已经有10人回复
-
318求调剂
已经有4人回复
-
化学308分调剂
已经有3人回复
-
一志愿河北工业大学0817化工278分求调剂
已经有18人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
有你就足够
木虫 (正式写手)
- 应助: 12 (小学生)
- 金币: 2059.3
- 红花: 1
- 帖子: 705
- 在线: 247.8小时
- 虫号: 3001766
- 注册: 2014-02-27
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
2楼2016-07-02 11:26:55
 |
3楼2016-07-03 22:26:42
zhulilan
木虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1643.6
- 散金: 6
- 红花: 1
- 帖子: 99
- 在线: 64.1小时
- 虫号: 3618320
- 注册: 2014-12-29
- 性别: MM
- 专业: 国际法学
4楼2016-07-03 23:32:15
有你就足够
木虫 (正式写手)
- 应助: 12 (小学生)
- 金币: 2059.3
- 红花: 1
- 帖子: 705
- 在线: 247.8小时
- 虫号: 3001766
- 注册: 2014-02-27
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
5楼2016-07-04 16:53:48
有你就足够
木虫 (正式写手)
- 应助: 12 (小学生)
- 金币: 2059.3
- 红花: 1
- 帖子: 705
- 在线: 247.8小时
- 虫号: 3001766
- 注册: 2014-02-27
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
大神啊，快快出来吧 6楼2016-07-14 10:35:39
zqr153
新虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 28.5
- 帖子: 25
- 在线: 13.4小时
- 虫号: 3469502
- 注册: 2014-10-12
- 性别: GG
- 专业: 膜生物化学与膜生物物理学
7楼2016-07-24 11:08:40
scholarallen
金虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 755
- 散金: 50
- 帖子: 48
- 在线: 31.8小时
- 虫号: 4059206
- 注册: 2015-09-08
- 专业: 理论和计算化学
8楼2016-07-24 18:20:03
scholarallen
金虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 755
- 散金: 50
- 帖子: 48
- 在线: 31.8小时
- 虫号: 4059206
- 注册: 2015-09-08
- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
有你就足够: 金币+10, ★★★很有帮助, 你好，我想知道自调节PH模拟，NAMD可以做吗？我对这方面不是很懂，还有，我使用propka对氨基酸进行预测PKa值，但是很无奈的是，我对野生型的和突变型的进行NAMD能量最小化之后，得到pdb文件，在提交到propka网站上预测，预测的时候没有组氨酸的值 2016-07-25 20:27:54
有你就足够: 金币+10, ★★★很有帮助, 你好，我想知道自调节PH模拟，NAMD可以做吗？我对这方面不是很懂，还有，我使用propka对氨基酸进行预测PKa值，但是很无奈的是，我对野生型的和突变型的进行NAMD能量最小化之后，得到pdb文件，在提交到propka网站上预测，预测的时候没有组氨酸的值 2016-07-25 20:27:54
|
模拟的时候到底能不能构建酸性环境，这个不太清楚。但是楼主可以构建符合相应环境下的蛋白结构，即残基的质子化状态。或者使用自调节PH的模拟，这种也是在不断的调节残基的质子化状态，constant PH。 发自小木虫Android客户端 |
9楼2016-07-24 18:25:03
有你就足够
木虫 (正式写手)
- 应助: 12 (小学生)
- 金币: 2059.3
- 红花: 1
- 帖子: 705
- 在线: 247.8小时
- 虫号: 3001766
- 注册: 2014-02-27
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
10楼2016-07-25 20:23:53
5