24小时热门版块排行榜

>论坛更新日志 (4153)
>文献求助 (435)
>导师招生 (380)
>虫友互识 (373)
>休闲灌水 (255)
>考博 (171)
>硕博家园 (125)
>招聘信息布告栏 (120)
>博后之家 (98)
>论文投稿 (91)
>公派出国 (75)
>基金申请 (73)
>考研 (68)
>论文道贺祈福 (57)
>找工作 (54)
>教师之家 (41)

返回列表

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

有你就足够

木虫 (正式写手)

应助: 12 (小学生)
金币: 2059.3
红花: 1
帖子: 705
在线: 247.8小时
虫号: 3001766
注册: 2014-02-27
性别: GG
专业: 生物化学

[求助] NAMD怎么给PDB文件添加一个酸性环境已有2人参与

各位大神，小弟最近因为实验要求，需要补充一些数据，需要用NAMD，做一些不同PH条件下（比如PH为1,3,5,7等）的蛋白质分子动力学模拟，先前实验室一个早已经毕业的师兄做过。看他的论文，是用VMD中的Psfgen加氢的，但是小弟折腾了挺长时间的，还是不会，特意来向大神求助啊。
还有，NAMD默认能量最小化，默认的是共轭梯度法，我看毕业师兄的论文，采用的是最徒下降法和共轭梯度法结合的使用，步骤是:首先限制蛋白质中的重原子，对氢原子、水和抗衡离子进行 5 ps 的能量最小化，然后解除对蛋白质中重原子的限制对整个系统进行 20 ps 的能量最小化。我想知道大神们都是怎么做的啊。

回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

1楼 2016-07-01 16:34:17

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

scholarallen

金虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 755
散金: 50
帖子: 48
在线: 31.8小时
虫号: 4059206
注册: 2015-09-08
专业: 理论和计算化学

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
有你就足够: 金币+10, ★★★很有帮助, 你好，我想知道自调节PH模拟，NAMD可以做吗？我对这方面不是很懂，还有，我使用propka对氨基酸进行预测PKa值，但是很无奈的是，我对野生型的和突变型的进行NAMD能量最小化之后，得到pdb文件，在提交到propka网站上预测，预测的时候没有组氨酸的值 2016-07-25 20:27:54

模拟的时候到底能不能构建酸性环境，这个不太清楚。但是楼主可以构建符合相应环境下的蛋白结构，即残基的质子化状态。或者使用自调节PH的模拟，这种也是在不断的调节残基的质子化状态，constant PH。

发自小木虫Android客户端