| 查看: 1899 | 回复: 11 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
有你就足够木虫 (正式写手)
|
[求助]
NAMD怎么给PDB文件添加一个酸性环境 已有2人参与
|
|
|
各位大神，小弟最近因为实验要求，需要补充一些数据，需要用NAMD，做一些不同PH条件下（比如PH为1,3,5,7等）的蛋白质分子动力学模拟，先前实验室一个早已经毕业的师兄做过。看他的论文，是用VMD中的Psfgen加氢的，但是小弟折腾了挺长时间的，还是不会，特意来向大神求助啊。 还有，NAMD默认能量最小化，默认的是共轭梯度法，我看毕业师兄的论文，采用的是最徒下降法和共轭梯度法结合的使用，步骤是:首先限制蛋白质中的重原子，对氢原子、水和抗衡离子进行 5 ps 的能量最小化，然后解除对蛋白质中重原子的限制对整个系统进行 20 ps 的能量最小化。我想知道大神们都是怎么做的啊。  |
回复此楼» 猜你喜欢
国自然评审意见
已经有8人回复
-
国自然面上复盘~欢迎讨论
已经有14人回复
-
系统查不到
已经有11人回复
-
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有18人回复
-
为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难
已经有12人回复
-
有没有仍没收到信息的
已经有3人回复
-
导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！
已经有8人回复
-
基金不中，共勉
已经有11人回复
-
麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上）
已经有9人回复
-
2026年叶企孙基金
已经有6人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
有你就足够
木虫 (正式写手)
- 应助: 12 (小学生)
- 金币: 2059.3
- 红花: 1
- 帖子: 705
- 在线: 247.8小时
- 虫号: 3001766
- 注册: 2014-02-27
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
5楼2016-07-04 16:53:48
有你就足够
木虫 (正式写手)
- 应助: 12 (小学生)
- 金币: 2059.3
- 红花: 1
- 帖子: 705
- 在线: 247.8小时
- 虫号: 3001766
- 注册: 2014-02-27
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
2楼2016-07-02 11:26:55
 |
3楼2016-07-03 22:26:42
zhulilan
木虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1643.6
- 散金: 6
- 红花: 1
- 帖子: 99
- 在线: 64.1小时
- 虫号: 3618320
- 注册: 2014-12-29
- 性别: MM
- 专业: 国际法学
4楼2016-07-03 23:32:15
投票:
10