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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » NAMD怎么给PDB文件添加一个酸性环境
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有你就足够

木虫 (正式写手)

[求助] NAMD怎么给PDB文件添加一个酸性环境 已有2人参与

各位大神，小弟最近因为实验要求，需要补充一些数据，需要用NAMD，做一些不同PH条件下（比如PH为1,3,5,7等）的蛋白质分子动力学模拟，先前实验室一个早已经毕业的师兄做过。看他的论文，是用VMD中的Psfgen加氢的，但是小弟折腾了挺长时间的，还是不会，特意来向大神求助啊。
还有，NAMD默认能量最小化，默认的是共轭梯度法，我看毕业师兄的论文，采用的是最徒下降法和共轭梯度法结合的使用，步骤是:首先限制蛋白质中的重原子，对氢原子、水和抗衡离子进行 5 ps 的能量最小化，然后解除对蛋白质中重原子的限制对整个系统进行 20 ps 的能量最小化。我想知道大神们都是怎么做的啊。
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1楼 2016-07-01 16:34:17
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有你就足够

木虫 (正式写手)
没人吗？自己顶一下
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2楼2016-07-02 11:26:55
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有你就足够

木虫 (正式写手)
3楼2016-07-03 22:26:42
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zhulilan

木虫 (小有名气)
遇到和楼主同样的问题

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专利代理师，北京集佳，出口方向
4楼2016-07-03 23:32:15
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有你就足够

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zhulilan at 2016-07-03 23:32:15
遇到和楼主同样的问题

唉，最近一直在想这个问题，纠结死了
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5楼2016-07-04 16:53:48
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有你就足够

木虫 (正式写手)
大神啊，快快出来吧
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6楼2016-07-14 10:35:39
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zqr153

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

内容已删除
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生物物理活体膜结构检测
7楼2016-07-24 11:08:40
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scholarallen

金虫 (初入文坛)
根据我自己理解的说话几句。

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8楼2016-07-24 18:20:03
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scholarallen

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
有你就足够: 金币+10, ★★★很有帮助, 你好，我想知道自调节PH模拟，NAMD可以做吗？我对这方面不是很懂，还有，我使用propka对氨基酸进行预测PKa值，但是很无奈的是，我对野生型的和突变型的进行NAMD能量最小化之后，得到pdb文件，在提交到propka网站上预测，预测的时候没有组氨酸的值 2016-07-25 20:27:54
模拟的时候到底能不能构建酸性环境，这个不太清楚。但是楼主可以构建符合相应环境下的蛋白结构，即残基的质子化状态。或者使用自调节PH的模拟，这种也是在不断的调节残基的质子化状态，constant PH。

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9楼2016-07-24 18:25:03
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有你就足够

木虫 (正式写手)
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10楼2016-07-25 20:23:53
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