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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 分子对接与优化问题
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二八直人

金虫 (小有名气)

[求助] 分子对接与优化问题 已有1人参与

我想问一下各位大神，如果我的晶体是在有机溶剂（比如甲醇）中得到的，做分子对接时效果还行，但是拿去做生物实验时，晶体会放在培养基里，做出来显示没有活性，这是什么原因呢？会不会是放在两种溶剂中结构会改变？还有一个问题是，进行结构优化的时候能不能选择溶剂环境呢？
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1楼 2016-07-01 09:40:16
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二八直人

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2016-07-02 13:20:29
分子对接一般不考虑环境问题

那是不是放在培养基里面的结构会改变呢？

发自小木虫Android客户端
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3楼2016-07-03 00:09:10
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
二八直人: 金币+30, ★★★很有帮助 2016-07-03 19:00:00
分子对接一般不考虑环境问题
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2楼2016-07-02 13:20:29
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 二八直人 at 2016-07-03 00:09:10
那是不是放在培养基里面的结构会改变呢？
...

这个很难说，或许你的蛋白在特定PH条件下会发生构象变化
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4楼2016-07-03 12:19:39
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