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kshdd

金虫 (著名写手)

[交流] RT-pcr的一些问题。。 已有2人参与

各位大神,环境水样滤膜提RNA,浓度在40-60ng/ul,总量100ul,取5ul进行反转录,得20ul体系,反转录后对特定功能基因用qPCRmix进行PCR,40循环,跑胶发现条带很暗。请问实验方案有问题没,怎么进一步优化实验方案?
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kshdd

金虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by xn8008 at 2016-06-19 12:55:27
1.你的环境水是超纯水还是蒸馏水?不会是自来水吧,最好用含有RNase Inhinitor的纯水,避免讲解;
2.你的条带暗,可能与你的温度不是最佳温度有关;
3.换用单独的rTaq吧,我对现在那些什么都混在一起的试剂盒不太 ...

1、水样为养殖海水,0.22um滤膜过滤,
2、退火温度是以DNA做模板摸索的,
3、试剂盒用的是trans的one-step gDNA removal and cDNA synthesis supermix
3楼2016-06-19 13:09:53
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xn8008

至尊木虫 (知名作家)

Balance Angel

★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2016-06-19 13:37:43
1.你的环境水是超纯水还是蒸馏水?不会是自来水吧,最好用含有RNase Inhinitor的纯水,避免讲解;
2.你的条带暗,可能与你的温度不是最佳温度有关;
3.换用单独的rTaq吧,我对现在那些什么都混在一起的试剂盒不太放心,而且你没说你的试剂盒怎么保存,你的酶如何保存,这些都很重要
奋斗是我们前进的动力!
2楼2016-06-19 12:55:27
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xn8008

至尊木虫 (知名作家)

Balance Angel


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by kshdd at 2016-06-19 13:09:53
1、水样为养殖海水,0.22um滤膜过滤,
2、退火温度是以DNA做模板摸索的,
3、试剂盒用的是trans的one-step gDNA removal and cDNA synthesis supermix...

1.除了超纯水和含有RNase Inhibitor的纯水以外,其他各种水都可能含有RNA酶,所以请你更换水;
2.你现在出现电泳条带了,但还需要继续摸索,提高亮度,就是提高你的PCR目的条带的产量;
3.采用两步法的PCR吧,很多时候一步法混在一起的酶不好,还有,你的酶怎么储存的,什么温度,是不是避光,其他什么条件
奋斗是我们前进的动力!
4楼2016-06-19 16:58:20
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kshdd

金虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by xn8008 at 2016-06-19 16:58:20
1.除了超纯水和含有RNase Inhibitor的纯水以外,其他各种水都可能含有RNA酶,所以请你更换水;
2.你现在出现电泳条带了,但还需要继续摸索,提高亮度,就是提高你的PCR目的条带的产量;
3.采用两步法的PCR吧,很 ...

1、你可能理解错了,我的样品就是水样,只不过是用滤膜过滤后保存在RNA保存液中;
2、我现在觉得条带暗的原因可能是反转录后,目的基因拷贝数低;
3、pcr体系的mix,takara针对qPC的mix,好的看一下2步法流程
4、谢谢
5楼2016-06-20 22:08:07
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