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Yolanda_syy

铜虫 (小有名气)

[求助] 模拟600K降温到300KK的过程(NVT系综,降温速率10K/10ps) 已有2人参与

S. Yang(2012)的文章中为了使构型稳定,先将分子系统在600K(NVT)下运行1ns,然后需要降温到300K(降温速率10K/10ps),请问大家,用哪个模块可以实现匀速降温呢?

具体文章中的语言是这样的:In the end, in order to achieve a fully relaxed network, the crosslinked system is further equilibrated by MD simulations under the canonical (NVT) ensemble at 600 K for 1 ns, followed by NVT annealing to 300 K at the cooling rate of 10 K/10 ps.

尝试了Forcite annealing,但是不符合要求,好不纠结~~

真心感谢!
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快乐的小逗比~
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xiaowu759

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
就是Forcite模块,可以的,自己设置参数。注意这得分两步:1. 600K(NVT)下运行1ns;2. 降温到300K(降温速率10K/10ps)。为什么说不符合要求?
2楼2016-05-28 16:39:32
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Yolanda_syy

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by xiaowu759 at 2016-05-28 16:39:32
就是Forcite模块,可以的,自己设置参数。注意这得分两步:1. 600K(NVT)下运行1ns;2. 降温到300K(降温速率10K/10ps)。为什么说不符合要求?

请问是Forcite的哪一个功能呢?我之前尝试的是annealing,发现它是对称的先升温后降温,是不是我找错功能了?或者是设置错了?
快乐的小逗比~
3楼2016-05-29 09:27:39
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ninitongtong

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
这是用forecite模块dynamic功能,每次手动调整温度以及时间,比较繁琐!

发自小木虫Android客户端
4楼2016-05-30 10:49:50
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Yolanda_syy

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by ninitongtong at 2016-05-30 10:49:50
这是用forecite模块dynamic功能,每次手动调整温度以及时间,比较繁琐!

我现在是用annealing的功能,先匀速降温后匀速升温,然后再进行下一步平衡的时候用的是中间的构型,您觉得这样可以吗?
快乐的小逗比~
5楼2016-05-30 14:32:51
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ninitongtong

新虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by Yolanda_syy at 2016-05-30 14:32:51
我现在是用annealing的功能,先匀速降温后匀速升温,然后再进行下一步平衡的时候用的是中间的构型,您觉得这样可以吗?...

不好意思,这个不是很清楚了

发自小木虫Android客户端
6楼2016-05-30 23:32:05
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Yolanda_syy

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by ninitongtong at 2016-05-30 23:32:05
不好意思,这个不是很清楚了
...

嗯,谢谢啦~
快乐的小逗比~
7楼2016-05-31 15:44:36
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yeahhanpei

金虫 (正式写手)

楼主,你的这篇文章名字叫啥?我想看看,能否告知?谢谢啦
我的梦想那么大,我却离得那么远!
8楼2016-11-07 11:23:48
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