24小时热门版块排行榜    

查看: 1857  |  回复: 7
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

Yolanda_syy

铜虫 (小有名气)

[求助] 模拟600K降温到300KK的过程(NVT系综,降温速率10K/10ps) 已有2人参与

S. Yang(2012)的文章中为了使构型稳定,先将分子系统在600K(NVT)下运行1ns,然后需要降温到300K(降温速率10K/10ps),请问大家,用哪个模块可以实现匀速降温呢?

具体文章中的语言是这样的:In the end, in order to achieve a fully relaxed network, the crosslinked system is further equilibrated by MD simulations under the canonical (NVT) ensemble at 600 K for 1 ns, followed by NVT annealing to 300 K at the cooling rate of 10 K/10 ps.

尝试了Forcite annealing,但是不符合要求,好不纠结~~

真心感谢!
回复此楼
快乐的小逗比~
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Yolanda_syy

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by ninitongtong at 2016-05-30 10:49:50
这是用forecite模块dynamic功能,每次手动调整温度以及时间,比较繁琐!

我现在是用annealing的功能,先匀速降温后匀速升温,然后再进行下一步平衡的时候用的是中间的构型,您觉得这样可以吗?
快乐的小逗比~
5楼2016-05-30 14:32:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

xiaowu759

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
就是Forcite模块,可以的,自己设置参数。注意这得分两步:1. 600K(NVT)下运行1ns;2. 降温到300K(降温速率10K/10ps)。为什么说不符合要求?
2楼2016-05-28 16:39:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Yolanda_syy

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by xiaowu759 at 2016-05-28 16:39:32
就是Forcite模块,可以的,自己设置参数。注意这得分两步:1. 600K(NVT)下运行1ns;2. 降温到300K(降温速率10K/10ps)。为什么说不符合要求?

请问是Forcite的哪一个功能呢?我之前尝试的是annealing,发现它是对称的先升温后降温,是不是我找错功能了?或者是设置错了?
快乐的小逗比~
3楼2016-05-29 09:27:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ninitongtong

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
这是用forecite模块dynamic功能,每次手动调整温度以及时间,比较繁琐!

发自小木虫Android客户端
4楼2016-05-30 10:49:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见(F口面上) +4 gdd2018 2026-08-28 5/250 2026-08-28 12:41 by Tide man
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +3 bud_bud 2026-08-27 6/300 2026-08-28 11:53 by bud_bud
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+5) +12 晴天加油 2026-08-26 13/650 2026-08-28 11:32 by skyjudy
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高,自己申请怎么就这么难 +10 Kittylucky 2026-08-27 11/550 2026-08-28 10:45 by Kittylucky
[基金申请] 申请删除本帖 +6 lyz123lyz 2026-08-27 7/350 2026-08-27 17:31 by 宁静致远sy
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[文学芳草园] 梦想 +3 myrtle 2026-08-26 3/150 2026-08-27 10:01 by angelyueyi
[基金申请] 系统查不到 +10 董八千 2026-08-26 10/500 2026-08-26 16:30 by Equinoxhua
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +22 羊腰板 2026-08-21 25/1250 2026-08-26 15:00 by zuocuiping
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +23 koalala 2026-08-24 26/1300 2026-08-26 14:29 by 宝贝虫子
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 国际合作可查了,中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 今天务委会开完了,明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 国合现在查不到了吗? +10 chengyan1220 2026-08-24 20/1000 2026-08-26 08:57 by peasantsprig
[基金申请] 某些机构,以效率低为荣,以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +13 kulium 2026-08-21 16/800 2026-08-24 16:27 by superceng
信息提示
请填处理意见