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龙城112

金虫 (小有名气)

112

[求助] PCR 已有1人参与

各位大神，我现在只知道基因的mRNA序列，想扩增其在基因组中的完整序列，但是我做的物种没有参考基因组，也无近缘物种做参考，我该怎么做才能扩增出来?万分感谢！
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自生自灭
1楼 2016-05-07 22:14:05
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龙城112

金虫 (小有名气)

112
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2016-05-07 23:11:30
如果你说的mRNA序列包括5‘UTR、3'UTR，那直接根据这两个区设计引物，用DNA做模板扩增。

谢谢，您能讲清楚一些吗，为什么在3`和5'UTR设计引物，原理是什么？再次感谢

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自生自灭
3楼2016-05-08 00:27:04
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
龙城112: 金币+25, ★★★很有帮助, 很有帮助 2016-05-08 20:13:38
如果你说的mRNA序列包括5‘UTR、3'UTR，那直接根据这两个区设计引物，用DNA做模板扩增。
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龙城112
2楼2016-05-07 23:11:30
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龙城112

金虫 (小有名气)

112
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2016-05-07 23:11:30
如果你说的mRNA序列包括5‘UTR、3'UTR，那直接根据这两个区设计引物，用DNA做模板扩增。

引物设计多长，Tm多少合适呢？

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自生自灭
4楼2016-05-08 00:29:52
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rdfu510

铁虫 (初入文坛)
在3`和5'UTR设计引物，用DNA作模板PCR扩增，可以得到包含所有内含子的pre-mRNA序列，但无法得到上、下游的基因结构序列。引物设计可使用免费的Primer-BLAST或Primer3网络软件，就用预设的60C Tm, 20碱基长度。

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龙城112
5楼2016-05-08 02:11:02
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