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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 氢键键长的评定
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ninitongtong

新虫 (小有名气)

[交流] 氢键键长的评定

本人是做高分子的，入门不久，近期看了诸多资料，也有一点小体会，看了一些资料后，便碰到了一些矛盾的地方。现在将这个问题整理出来，供大家交流一下，方便以后的模拟操作，尤其是处理分子间作用的研究人员。
在不同的文献中，对于在径向分布函数中判定存在氢键峰的距离（即横坐标）不同，在Journal of hazardous materials 156（2008）201-207文献中说是在2.5-3.1埃之间，而Materiais studio软件涉及力场中氢键的研究’文献中系统研究了compass、cvff和pcff三种力场下氢键的有效键长和角度，文献中指出在1.38-2.5埃之间形成。而我之前模拟的体系进行统计的氢键键长的数据也都是在1.6-2.5之间。此时，便出现了分歧。就我自己而言，我更倾向于后者，拿H和O原子的范德华半径来说，O是1.51，H是1.2，两者的范德华半径之和是2.7左右，此时的范德华力最强，那氢键有什么意义呢？并且统计出来也验证了第二篇文献的结论。
麻烦各位专家大神发表一下自己的看法吧！
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1楼 2016-04-26 21:22:05
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psylhh

木虫之王 (文学泰斗)
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ninitongtong(金币+1): 谢谢参与
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2楼2016-04-26 21:28:53
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cgandy.

新虫 (知名作家)
★
ninitongtong(金币+1): 谢谢参与
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3楼2016-04-26 21:30:37
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匿名

用户注销 (小有名气)
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8楼2016-04-26 21:48:46
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ninitongtong

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 团小暖 at 2016-04-26 21:48:46
我用Vmd直接做出来的氢键的范围在前者

你用VMD做，是使用从头算法，基于量子力学模拟出来的么？而我用MS，基于分子动力学模拟出来的是后者哎
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17楼2016-04-26 22:10:40
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匿名

用户注销 (小有名气)
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24楼2016-04-26 23:24:53
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ninitongtong

新虫 (小有名气)
引用回帖:
24楼: Originally posted by 团小暖 at 2016-04-26 23:24:53
不是，是分子动力学软件Lammps做出的轨迹文件，再用Vmd后处理
...

我对这个软件不太了解，也是采用分子动力学进行模拟的么？

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25楼2016-04-26 23:27:39
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ninitongtong

新虫 (小有名气)
引用回帖:
26楼: Originally posted by 团小暖 at 2016-04-27 07:11:01
对
...

我用MS模拟的却是后者，难道是两个软件不同的原因么？按说两个软件基于相同的原理，只是在某些参数方面设置不同而已，怎么会出现如此大的区别？

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27楼2016-04-27 08:47:05
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namiwenti

金虫 (著名写手)
★
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学习学习，我也想学MS

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28楼2016-04-27 14:03:37
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ninitongtong

新虫 (小有名气)
自己顶一下

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29楼2016-04-29 00:02:30
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主，请问您现在搞清楚这个问题了吗？我遇到同样的问题了。
我用MS中的Forcite模块做分子动力学然后用RDF分析聚合物上O原子和水中H原子的RDF分布，发现第一个峰在1.55埃。于是我就说两者之间存在H键。结果投出去的文章被审稿人质疑，说氢键不会这么短。我都不知道该怎么回答了。请赐教呀。
审稿人说：1.55 A is very small for an H bonding. 1.55 A is quite the C-C distance
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30楼2016-07-29 16:08:06
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ninitongtong

新虫 (小有名气)
引用回帖:
30楼: Originally posted by 赵红霞 at 2016-07-29 16:08:06
楼主，请问您现在搞清楚这个问题了吗？我遇到同样的问题了。
我用MS中的Forcite模块做分子动力学然后用RDF分析聚合物上O原子和水中H原子的RDF分布，发现第一个峰在1.55埃。于是我就说两者之间存在H键。结果投出去的 ...

我也没解决！

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31楼2016-07-29 23:54:54
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
31楼: Originally posted by ninitongtong at 2016-07-29 23:54:54
我也没解决！
...

我今天看文献才知道氢键的定义是donor-hydrogen-acceptor的距离小于2.5 Angstrom，并且他们的夹角大于90度才叫氢键。所以，氢键是O-H-O的距离，而不是O-H的距离。
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32楼2016-08-04 14:20:05
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zq1195767010

新虫 (初入文坛)
★
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引用回帖:
32楼: Originally posted by 赵红霞 at 2016-08-04 14:20:05
我今天看文献才知道氢键的定义是donor-hydrogen-acceptor的距离小于2.5 Angstrom，并且他们的夹角大于90度才叫氢键。所以，氢键是O-H-O的距离，而不是O-H的距离。...

请问是哪篇文献呢
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33楼2017-02-11 10:12:50
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饥饿召唤师

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
MS中的角度判断是以供体-H-受体之间角度判断，而文献是以H-供体-受体之间角度判断，不知道楼主是如何实现氢键计算的
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34楼2018-05-16 16:44:24
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Anita_1234楼
2016-04-26 21:36   回复  
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jixiangbao5楼
2016-04-26 21:37   回复  
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Anita_12346楼
2016-04-26 21:44   回复  
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chlq314101a7楼
2016-04-26 21:48   回复  
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yaoyao1459楼
2016-04-26 21:49   回复  
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fdzjm10楼
2016-04-26 21:50   回复  
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假大空11楼
2016-04-26 21:52   回复  
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顶
yangdw12345612楼
2016-04-26 21:54   回复  
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skyish13楼
2016-04-26 21:59   回复  
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一 发自小木虫IOS客户端
miaojiabing14楼
2016-04-26 22:05   回复  
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tzynew15楼
2016-04-26 22:06   回复  
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yangdw12345716楼
2016-04-26 22:06   回复  
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billie11318楼
2016-04-26 22:13   回复  
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祝福 发自小木虫IOS客户端
天涯201219楼
2016-04-26 22:14   回复  
ninitongtong(金币+1): 谢谢参与
yangdw12345920楼
2016-04-26 22:15   回复  
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SilenceGoo21楼
2016-04-26 22:16   回复  
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laom201322楼
2016-04-26 22:17   回复  
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yangdw12345823楼
2016-04-26 22:22   回复  
团小暖26楼
2016-04-27 07:11   回复  
引用回帖:
25楼: Originally posted by ninitongtong at 2016-04-26 23:27:39 我对这个软件不太了解，也是采用分子动力学进行模拟的么？ ...

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