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ninitongtong

新虫 (小有名气)

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[交流] 氢键键长的评定

本人是做高分子的，入门不久，近期看了诸多资料，也有一点小体会，看了一些资料后，便碰到了一些矛盾的地方。现在将这个问题整理出来，供大家交流一下，方便以后的模拟操作，尤其是处理分子间作用的研究人员。
在不同的文献中，对于在径向分布函数中判定存在氢键峰的距离（即横坐标）不同，在Journal of hazardous materials 156（2008）201-207文献中说是在2.5-3.1埃之间，而Materiais studio软件涉及力场中氢键的研究’文献中系统研究了compass、cvff和pcff三种力场下氢键的有效键长和角度，文献中指出在1.38-2.5埃之间形成。而我之前模拟的体系进行统计的氢键键长的数据也都是在1.6-2.5之间。此时，便出现了分歧。就我自己而言，我更倾向于后者，拿H和O原子的范德华半径来说，O是1.51，H是1.2，两者的范德华半径之和是2.7左右，此时的范德华力最强，那氢键有什么意义呢？并且统计出来也验证了第二篇文献的结论。
麻烦各位专家大神发表一下自己的看法吧！

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1楼2016-04-26 21:22:05

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

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楼主，请问您现在搞清楚这个问题了吗？我遇到同样的问题了。
我用MS中的Forcite模块做分子动力学然后用RDF分析聚合物上O原子和水中H原子的RDF分布，发现第一个峰在1.55埃。于是我就说两者之间存在H键。结果投出去的文章被审稿人质疑，说氢键不会这么短。我都不知道该怎么回答了。请赐教呀。
审稿人说：1.55 A is very small for an H bonding. 1.55 A is quite the C-C distance