应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 氢键键长的评定
51/1返回列表
查看: 5044  |  回复: 33
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

ninitongtong

新虫 (小有名气)

[交流] 氢键键长的评定

本人是做高分子的，入门不久，近期看了诸多资料，也有一点小体会，看了一些资料后，便碰到了一些矛盾的地方。现在将这个问题整理出来，供大家交流一下，方便以后的模拟操作，尤其是处理分子间作用的研究人员。
在不同的文献中，对于在径向分布函数中判定存在氢键峰的距离（即横坐标）不同，在Journal of hazardous materials 156（2008）201-207文献中说是在2.5-3.1埃之间，而Materiais studio软件涉及力场中氢键的研究’文献中系统研究了compass、cvff和pcff三种力场下氢键的有效键长和角度，文献中指出在1.38-2.5埃之间形成。而我之前模拟的体系进行统计的氢键键长的数据也都是在1.6-2.5之间。此时，便出现了分歧。就我自己而言，我更倾向于后者，拿H和O原子的范德华半径来说，O是1.51，H是1.2，两者的范德华半径之和是2.7左右，此时的范德华力最强，那氢键有什么意义呢？并且统计出来也验证了第二篇文献的结论。
麻烦各位专家大神发表一下自己的看法吧！
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

MS计算模拟 计算模拟

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼2016-04-26 21:22:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ninitongtong

新虫 (小有名气)
引用回帖:
24楼: Originally posted by 团小暖 at 2016-04-26 23:24:53
不是，是分子动力学软件Lammps做出的轨迹文件，再用Vmd后处理
...

我对这个软件不太了解，也是采用分子动力学进行模拟的么？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
25楼2016-04-26 23:27:39
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 34 个回答

匿名

用户注销 (小有名气)
★
ninitongtong(金币+1): 谢谢参与
本帖仅楼主可见
赞一下
8楼2016-04-26 21:48:46
 已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页
简单回复
yaoyao1459楼
2016-04-26 21:49   回复  
ninitongtong(金币+1): 谢谢参与
y 发自小木虫IOS客户端
skyish13楼
2016-04-26 21:59   回复  
ninitongtong(金币+1): 谢谢参与
一 发自小木虫IOS客户端
查看全部 34 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复(可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭