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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 氢键键长的评定
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ninitongtong

新虫 (小有名气)

[交流] 氢键键长的评定

本人是做高分子的，入门不久，近期看了诸多资料，也有一点小体会，看了一些资料后，便碰到了一些矛盾的地方。现在将这个问题整理出来，供大家交流一下，方便以后的模拟操作，尤其是处理分子间作用的研究人员。
在不同的文献中，对于在径向分布函数中判定存在氢键峰的距离（即横坐标）不同，在Journal of hazardous materials 156（2008）201-207文献中说是在2.5-3.1埃之间，而Materiais studio软件涉及力场中氢键的研究’文献中系统研究了compass、cvff和pcff三种力场下氢键的有效键长和角度，文献中指出在1.38-2.5埃之间形成。而我之前模拟的体系进行统计的氢键键长的数据也都是在1.6-2.5之间。此时，便出现了分歧。就我自己而言，我更倾向于后者，拿H和O原子的范德华半径来说，O是1.51，H是1.2，两者的范德华半径之和是2.7左右，此时的范德华力最强，那氢键有什么意义呢？并且统计出来也验证了第二篇文献的结论。
麻烦各位专家大神发表一下自己的看法吧！
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1楼2016-04-26 21:22:05
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饥饿召唤师

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
MS中的角度判断是以供体-H-受体之间角度判断，而文献是以H-供体-受体之间角度判断，不知道楼主是如何实现氢键计算的
赞一下 回复此楼
34楼2018-05-16 16:44:24
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
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匿名

用户注销 (小有名气)
★
ninitongtong(金币+1): 谢谢参与
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8楼2016-04-26 21:48:46
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yaoyao1459楼
2016-04-26 21:49   回复  
ninitongtong(金币+1): 谢谢参与
y 发自小木虫IOS客户端
skyish13楼
2016-04-26 21:59   回复  
ninitongtong(金币+1): 谢谢参与
一 发自小木虫IOS客户端
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