| 查看: 1568 | 回复: 11 | |||
[求助]
pcr，分子标记，paup软件应用，单倍型分析！ 已有1人参与
|
|||
|
万能的虫友们好， 我的实验是，基于ssr技术对叶绿体dna遗传多样性进行研究，最近刚做完分子标记的正向测序工作，但是处理数据时，遇到了问题。求助！ 1.不同的样品测序结果，怎么进行合并？有的文献上面写的用paup软件将叶绿体片段1.2.3.4进行合并，吧啦吧啦……但是，这并不是正反向，怎么合并？而且我用这个软件试了，并没有合并的功能～ 2.在用dnasp软件进行单倍型分析时，为什么我的单倍型数目几乎等于序列数了？感觉怪怪的？ 3.不明白，有的文献中，怎么得出来的，单倍型分布，求解。 不能更感激！ @biostar2009 发自小木虫IOS客户端 |
回复此楼» 猜你喜欢
不合理蛙科研实验之小鼠实验：严谨设计，解析生命机制的重要载体
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之重金属检测：精准筛查，守护健康与环境的防线
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有74人回复
-
不合理蛙科研实验之“蛙测重金属我背锅三千”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“鼠逃三次我发三篇SCI”
已经有0人回复
-
纳米粒度分析
已经有3人回复
-
林科院林化所招收材料与化工专业硕士，坐标南京
已经有0人回复
-
留学--博士招生
已经有16人回复
-
化学工程，本211，求调剂，ab区不限
已经有4人回复
-
邵阳学院食品与化学工程学院硕士调剂
已经有0人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
rhapsody007
金虫 (小有名气)
- MolEPI: 1
- 应助: 25 (小学生)
- 金币: 1001.8
- 散金: 121
- 红花: 2
- 帖子: 76
- 在线: 48.3小时
- 虫号: 2465037
- 注册: 2013-05-15
- 性别: GG
- 专业: 基因组学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
笔尖上的躁动: 金币+20, ★★★很有帮助 2016-04-26 23:12:49
笔尖上的躁动: 金币+20 2016-04-27 18:31:56
感谢参与，应助指数 +1
笔尖上的躁动: 金币+20, ★★★很有帮助 2016-04-26 23:12:49
笔尖上的躁动: 金币+20 2016-04-27 18:31:56
|
朋友你好，我现在很少上小木虫了。今天才看到你给我发的私信，针对你私信中的问题，我比较有把握的就是：单倍型数量和样品或者群体应该是没有关系的。 针对你这篇帖子的问题，我从我的理解角度，回答一下，不知道是否正确 1、测序结果的合并，我想你是想要合并成重叠群吧，也是就contig，我之前用的合并软件是CAP3，但至于正反向测序，这个我并没有注意过 2、单倍型分析，应该是基于SNP分析的基础上，也就是你要先分析清楚SNP位点，然后才能得出单倍型的结论 |
笔尖上的躁动
3楼2016-04-26 21:05:03
|
首先，看到您的回复，非常感动，万分感谢。 其次，对于单倍型个数和序列数之间的关系这个问题，是这样的，我用3对引物分别扩增几个群体的20个样品，然后用dnasp做的单倍型分析，但是，引物1，扩增的几乎没有变异位点，除了序列首末乱封的位置碱基位置显示红色(我没有删掉，不知道是不是这里出了问题)，然后做出来结果是20大概和序列数相等，我觉得有问题，但是找不出来，其他引物扩增的存在差异位点，同样操作，结果对不对，我也不确定 发自小木虫IOS客户端 |
4楼2016-04-26 23:21:20
|
然后，对于您说的重叠群，我没有很明白，这里您是怎么分析的，我看文献上面说，将4对，引物扩增片段，合并，但是后面又写将51个序列合并(总共就51个样品)，这样的话没有考虑引物的问题呀，我觉得应该是4*51=204个呀…… 发自小木虫IOS客户端 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
5楼2016-04-26 23:25:19
2楼2016-04-26 17:44:58
6楼2016-04-26 23:27:04
7楼2016-04-27 18:32:58
8楼2016-04-27 18:33:33
9楼2016-04-27 18:33:53
10楼2016-04-27 18:34:06
