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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » pcr，分子标记，paup软件应用，单倍型分析！
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笔尖上的躁动

新虫 (小有名气)

[求助] pcr，分子标记，paup软件应用，单倍型分析！ 已有1人参与

万能的虫友们好，
       我的实验是，基于ssr技术对叶绿体dna遗传多样性进行研究，最近刚做完分子标记的正向测序工作，但是处理数据时，遇到了问题。求助！
       1.不同的样品测序结果，怎么进行合并？有的文献上面写的用paup软件将叶绿体片段1.2.3.4进行合并，吧啦吧啦……但是，这并不是正反向，怎么合并？而且我用这个软件试了，并没有合并的功能～
       2.在用dnasp软件进行单倍型分析时，为什么我的单倍型数目几乎等于序列数了？感觉怪怪的？
       3.不明白，有的文献中，怎么得出来的，单倍型分布，求解。
       不能更感激！

@biostar2009 发自小木虫IOS客户端
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1楼 2016-04-26 17:32:03
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rhapsody007

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
笔尖上的躁动: 金币+20, ★★★很有帮助 2016-04-26 23:12:49
笔尖上的躁动: 金币+20 2016-04-27 18:31:56
朋友你好，我现在很少上小木虫了。今天才看到你给我发的私信，针对你私信中的问题，我比较有把握的就是：单倍型数量和样品或者群体应该是没有关系的。
针对你这篇帖子的问题，我从我的理解角度，回答一下，不知道是否正确
1、测序结果的合并，我想你是想要合并成重叠群吧，也是就contig，我之前用的合并软件是CAP3，但至于正反向测序，这个我并没有注意过
2、单倍型分析，应该是基于SNP分析的基础上，也就是你要先分析清楚SNP位点，然后才能得出单倍型的结论
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笔尖上的躁动 笔尖上的躁动 笔尖上的躁动
吉恩特磁珠
3楼2016-04-26 21:05:03
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笔尖上的躁动

新虫 (小有名气)
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3楼: Originally posted by rhapsody007 at 2016-04-26 21:05:03
朋友你好，我现在很少上小木虫了。今天才看到你给我发的私信，针对你私信中的问题，我比较有把握的就是：单倍型数量和样品或者群体应该是没有关系的。
针对你这篇帖子的问题，我从我的理解角度，回答一下，不知道是 ...

首先，看到您的回复，非常感动，万分感谢。
其次，对于单倍型个数和序列数之间的关系这个问题，是这样的，我用3对引物分别扩增几个群体的20个样品，然后用dnasp做的单倍型分析，但是，引物1，扩增的几乎没有变异位点，除了序列首末乱封的位置碱基位置显示红色(我没有删掉，不知道是不是这里出了问题)，然后做出来结果是20大概和序列数相等，我觉得有问题，但是找不出来，其他引物扩增的存在差异位点，同样操作，结果对不对，我也不确定

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4楼2016-04-26 23:21:20
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笔尖上的躁动

新虫 (小有名气)
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3楼: Originally posted by rhapsody007 at 2016-04-26 21:05:03
朋友你好，我现在很少上小木虫了。今天才看到你给我发的私信，针对你私信中的问题，我比较有把握的就是：单倍型数量和样品或者群体应该是没有关系的。
针对你这篇帖子的问题，我从我的理解角度，回答一下，不知道是 ...

然后，对于您说的重叠群，我没有很明白，这里您是怎么分析的，我看文献上面说，将4对，引物扩增片段，合并，但是后面又写将51个序列合并(总共就51个样品)，这样的话没有考虑引物的问题呀，我觉得应该是4*51=204个呀……

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笔尖上的躁动
5楼2016-04-26 23:25:19
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普通回帖

笔尖上的躁动

新虫 (小有名气)
有会做单倍型分析的大侠么？

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2楼2016-04-26 17:44:58
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笔尖上的躁动

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 笔尖上的躁动 at 2016-04-26 23:21:20
首先，看到您的回复，非常感动，万分感谢。
其次，对于单倍型个数和序列数之间的关系这个问题，是这样的，我用3对引物分别扩增几个群体的20个样品，然后用dnasp做的单倍型分析，但是，引物1，扩增的几乎没有变异位 ...

给您添麻烦了！

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6楼2016-04-26 23:27:04
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笔尖上的躁动

新虫 (小有名气)
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3楼: Originally posted by rhapsody007 at 2016-04-26 21:05:03
朋友你好，我现在很少上小木虫了。今天才看到你给我发的私信，针对你私信中的问题，我比较有把握的就是：单倍型数量和样品或者群体应该是没有关系的。
针对你这篇帖子的问题，我从我的理解角度，回答一下，不知道是 ...

不知道怎么追加金币，只能送花了

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7楼2016-04-27 18:32:58
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笔尖上的躁动

新虫 (小有名气)
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3楼: Originally posted by rhapsody007 at 2016-04-26 21:05:03
朋友你好，我现在很少上小木虫了。今天才看到你给我发的私信，针对你私信中的问题，我比较有把握的就是：单倍型数量和样品或者群体应该是没有关系的。
针对你这篇帖子的问题，我从我的理解角度，回答一下，不知道是 ...

问题已解决

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8楼2016-04-27 18:33:33
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笔尖上的躁动

新虫 (小有名气)
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5楼: Originally posted by 笔尖上的躁动 at 2016-04-26 23:25:19
然后，对于您说的重叠群，我没有很明白，这里您是怎么分析的，我看文献上面说，将4对，引物扩增片段，合并，但是后面又写将51个序列合并(总共就51个样品)，这样的话没有考虑引物的问题呀，我觉得应该是4*51=204个呀 ...

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9楼2016-04-27 18:33:53
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笔尖上的躁动

新虫 (小有名气)
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3楼: Originally posted by rhapsody007 at 2016-04-26 21:05:03
朋友你好，我现在很少上小木虫了。今天才看到你给我发的私信，针对你私信中的问题，我比较有把握的就是：单倍型数量和样品或者群体应该是没有关系的。
针对你这篇帖子的问题，我从我的理解角度，回答一下，不知道是 ...

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10楼2016-04-27 18:34:06
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