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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 荧光定量PCR引物设计原则
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sherry_wang

木虫 (正式写手)

[交流] 荧光定量PCR引物设计原则

荧光定量PCR的引物设计原则是什么呢？原来做半定量PCR，按照普通引物设计原则进行设计，但是今天看下面这篇文献，发现文献中给出同一基因的荧光定量PCR和半定量PCR的引物不同，已知道半定量PCR引物不能用于荧光定量PCR，不知道按说明书上的荧光定量PCR引物设计能不能直接用来做半定量PCR？
http://www.cnki.com.cn/Article/CJFDTotal-YCZZ201603007.htm
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1楼 2016-04-26 16:34:12
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sherry_wang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by stone2239 at 2016-04-27 14:08:11
意思是用荧光定量引物的扩增产物做半定量分析，半定量不就是用PCR产物跑电泳嘛。荧光定量引物二聚体和普通引物二聚体一个意思，就是引物之间局部配对形成二聚体，如果二聚体多，电泳后也会有条带，一般在100-200bp ...

我们以前做半定量的时候是直接用普通PCR仪扩增的产物去跑电泳，我看有杂志要求荧光定量数据和电泳图都要有，是用荧光定量的产物去跑的电泳吗？
另，引物二聚体那个解释清楚了，但是设计引物的时候，也会有软件评价是否会出现引物二聚体配对等问题，谢谢。
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7楼2016-04-27 22:31:04
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
sherry_wang: 金币+4 2016-05-14 15:58:08
两种定量方法使用的引物是不一样，不能通用。荧光定量引物除满足常规引物的条件，对PCR产物大小有限制，一般产物大小在90-250bp范围，这个产物如果用来做半定量，条带会和引物二聚体有重合，影响实际定量效果；而半定量一般产物在300-600bp之间。
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2楼2016-04-26 21:13:20
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娟恋幸福

新虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
sherry_wang: 金币+1 2016-05-14 15:58:22
DNAMAN里可以直接设计

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3楼2016-04-26 23:44:05
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sherry_wang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2016-04-26 21:13:20
两种定量方法使用的引物是不一样，不能通用。荧光定量引物除满足常规引物的条件，对PCR产物大小有限制，一般产物大小在90-250bp范围，这个产物如果用来做半定量，条带会和引物二聚体有重合，影响实际定量效果；而半 ...

谢谢 产物用来做半定量的意思是荧光定量的产物去跑条带吗？荧光定量引物二聚体是什么意思？
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4楼2016-04-27 10:29:49
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