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悄悄66

新虫 (小有名气)

[求助] 如何确定H原子坐标 已有1人参与

求助,我现在要对Ca5(AsO4)3OH,Sr(AsO4)3OH在MS中建模,可是文献中查不到H的原子坐标,我要如何确定氢原子的坐标呢,这个问题很棘手,各位路过的有经验的前辈指导指导,不胜感激!先谢谢啦!
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悄悄66

新虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 月只蓝 at 2016-04-15 09:30:00
H原子太轻,普通的XRD技术往往捕捉不到H原子的位置,所以文献中往往没有给出H原子的坐标。
此时,有两个办法,一个办法是自己培养所需晶体的单晶,然后做单晶衍射,解晶体,获得H原子的坐标,这个办法有实验数据, ...

谢谢您的指导,我这边的资源实现不了第一种办法,第二种办法中的O-H键的长度文献中也没有给出,现在我能找到和它同构的Ca5(PO4)3OH的H原子坐标,我可以拿来用吗?再次谢谢老师的耐心解答.
3楼2016-04-15 10:41:19
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
H原子太轻,普通的XRD技术往往捕捉不到H原子的位置,所以文献中往往没有给出H原子的坐标。
此时,有两个办法,一个办法是自己培养所需晶体的单晶,然后做单晶衍射,解晶体,获得H原子的坐标,这个办法有实验数据,更能得到同行评审的认可。
另一个办法就是根据氢氧键的长度,手动添加H原子,然后做几何优化,以几何优化后确定的H原子坐标为准。

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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助!时间精力有限,恕不接受无偿私信求助。
2楼2016-04-15 09:30:00
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 悄悄66 at 2016-04-15 10:41:19
谢谢您的指导,我这边的资源实现不了第一种办法,第二种办法中的O-H键的长度文献中也没有给出,现在我能找到和它同构的Ca5(PO4)3OH的H原子坐标,我可以拿来用吗?再次谢谢老师的耐心解答....

两种晶体只是在结构上相似,不是完全相同,晶体中的原子坐标不一定完全相同。
除非能确定两种晶体中所有原子坐标完全相同。
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助!时间精力有限,恕不接受无偿私信求助。
4楼2016-04-15 10:44:21
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