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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 如何确定H原子坐标
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悄悄66

新虫 (小有名气)

[求助] 如何确定H原子坐标 已有1人参与

求助，我现在要对Ca5（AsO4)3OH,Sr（AsO4)3OH在MS中建模，可是文献中查不到H的原子坐标，我要如何确定氢原子的坐标呢，这个问题很棘手，各位路过的有经验的前辈指导指导，不胜感激！先谢谢啦！
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1楼 2016-04-14 22:45:26
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
H原子太轻，普通的XRD技术往往捕捉不到H原子的位置，所以文献中往往没有给出H原子的坐标。
此时，有两个办法，一个办法是自己培养所需晶体的单晶，然后做单晶衍射，解晶体，获得H原子的坐标，这个办法有实验数据，更能得到同行评审的认可。
另一个办法就是根据氢氧键的长度，手动添加H原子，然后做几何优化，以几何优化后确定的H原子坐标为准。
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悄悄66
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
2楼2016-04-15 09:30:00
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悄悄66

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 月只蓝 at 2016-04-15 09:30:00
H原子太轻，普通的XRD技术往往捕捉不到H原子的位置，所以文献中往往没有给出H原子的坐标。
此时，有两个办法，一个办法是自己培养所需晶体的单晶，然后做单晶衍射，解晶体，获得H原子的坐标，这个办法有实验数据， ...

谢谢您的指导，我这边的资源实现不了第一种办法，第二种办法中的O-H键的长度文献中也没有给出，现在我能找到和它同构的Ca5(PO4)3OH的H原子坐标，我可以拿来用吗？再次谢谢老师的耐心解答.
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3楼2016-04-15 10:41:19
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 悄悄66 at 2016-04-15 10:41:19
谢谢您的指导，我这边的资源实现不了第一种办法，第二种办法中的O-H键的长度文献中也没有给出，现在我能找到和它同构的Ca5(PO4)3OH的H原子坐标，我可以拿来用吗？再次谢谢老师的耐心解答....

两种晶体只是在结构上相似，不是完全相同，晶体中的原子坐标不一定完全相同。
除非能确定两种晶体中所有原子坐标完全相同。
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
4楼2016-04-15 10:44:21
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