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Masterarbeit

新虫 (初入文坛)

[求助] md 分子动力学模拟 已有1人参与

如图的公式，u为系统总势能。i代表每一个分子。又总势能的梯度能够计算每个分子的受力。那么公式里的ijk和x1 y1 z1是什么，怎么确定的？本人初学者，希望大家能多多帮助。

md 分子动力学模拟


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1楼 2016-04-11 00:40:30
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abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你的工程比较浩大。建议你系统的看一下 The art of molecular dynamic simulation这本书，里面有c语言的源程序，会详细讲解从势、周期性边界条件、算法、系综等每一步。否则，每一个方向你都这样问下去，呵呵呵呵，很难。
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2楼2016-04-11 15:25:05
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abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
2楼: Originally posted by abinitio at 2016-04-11 15:25:05
你的工程比较浩大。建议你系统的看一下 The art of molecular dynamic simulation这本书，里面有c语言的源程序，会详细讲解从势、周期性边界条件、算法、系综等每一步。否则，每一个方向你都这样问下去，呵呵呵呵， ...

这本书连同源程序，木虫能下到，自己搜
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3楼2016-04-11 15:25:54
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大懒猫王浩

金虫 (著名写手)

学渣
╮(╯_╰)╭那是梯度公式，你的任务将的确巨大。。。你这个看的应该是分子动力学里面的算法介绍。。。。=_=前路漫漫。。

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一步一步往上走，，，，
4楼2016-04-12 20:30:16
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dgwfly

新虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by abinitio at 2016-04-11 15:25:54
这本书连同源程序，木虫能下到，自己搜...

有没有包含FORTRAN源程序的MD教材啊，也是初学者，求推荐下(?? . ??)

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5楼2016-04-12 23:08:25
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abinitio

版主 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by dgwfly at 2016-04-12 23:08:25
有没有包含FORTRAN源程序的MD教材啊，也是初学者，求推荐下(?? . ??)
...

如果我没记错，understanding molecular simulations这本书里的源程序是for的
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6楼2016-04-13 11:14:53
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ruby521521

新虫 (小有名气)
同方向，一起努力，三维方向上的受力求合力

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7楼2016-04-13 14:54:10
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dgwfly

新虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by abinitio at 2016-04-13 11:14:53
如果我没记错，understanding molecular simulations这本书里的源程序是for的...

(⊙o⊙)哦谢谢

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8楼2016-04-13 17:21:52
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