应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » MS计算混合物中不同组分的RDF
南方科技大学公共卫生及应急管理学院2025级博士研究生招生报考通知
391/1返回列表
查看: 4898  |  回复: 38
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

I远方O

木虫 (正式写手)

[交流] MS计算混合物中不同组分的RDF

虫友们好，

目前正在用MD计算一混合物中两组分间的RDF关系。

系统如下：用Amorphous cell建立一盒子，其中有A和B分子，A分子为CxHyOz，B分子为CaHbNc，均为大分子，原子数较多，按一定比例混合。

在得到的结构中跑1ns的NVT。

然后选中A的所有原子为Set 1， B的所有原子为Set 2， 用Forcite的RDF模块计算如下图所示。

想请教下：
（1）能不能这样设置Set，是选取其中所有的同一个原子，比如O或者N，作为一个Set，还是可以和我这样，选去A或者B中所有的原子作为一个Set？
（2）选取A中所有的原子为一个Set后，计算RDF的算法是什么，是所有原子的平均还是质心？也就是说，我还需要设定A分子或者B分子的质心作为Set重新计算吗？
（3）如果我想分子A分子的聚集现象，此时Set 选项卡我都选择的是Set1 and Set 1，能否选用Include intra/intermolecular components？
         我发现如果不选，就如下图1所示，貌似1.2A 左右的峰显示的是键长吧，应该不对？
         如果我选了Include intra/intermolecular components， 之后选择inter 的图像，就如图2 所示了. 这个还算是自聚集现象吗？
         Intra/inter molecular到底是什么意思，哪个是用来分析自聚集的呢？

谢谢大家的指导~

MS计算混合物中不同组分的RDF
Fig.1 Total RDF for Set 1-Set 1


MS计算混合物中不同组分的RDF-1
Fig. 2 Inter RDF for Set 1-Set 1
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼2016-04-07 23:24:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

I远方O

木虫 (正式写手)
引用回帖:
34楼: Originally posted by 诚敬谦和023 at 2019-07-06 19:06:42
请问下楼主，这个  参考原子  默认就是 center of mass 吗？还是需要手动设置呀？需要我们自己设置的话，楼主可否指点一二   或者 发个教程 呢？...

默认的不是center of mass。
com需要自己去设置的。
选中所有原子，软件可以计算出com的，选中com就可以
赞一下(1人) 回复此楼
35楼2019-07-24 15:34:04
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

诚敬谦和023

铜虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
35楼: Originally posted by I远方O at 2019-07-24 15:34:04
默认的不是center of mass。
com需要自己去设置的。
选中所有原子，软件可以计算出com的，选中com就可以...

多谢，已经解决。但是现在我做出的曲线一点都不光滑，我是设置COM为SET1, 另外一个粒子为SET2，直接计算的RDF，是这样的吗？
赞一下(1人) 回复此楼
36楼2019-08-15 12:36:41
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tableman

木虫之王 (文学泰斗)
★
I远方O(金币+2): 谢谢参与
祝福楼主了。
回复此楼
8楼2016-04-08 05:35:33
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hkyg

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
想问一下楼主，为什么我用做的RDF曲线 都不光滑，您这曲线有经过后续处理吗？还是RDF直接算出来的。分子数量有多少？
赞一下 回复此楼
29楼2016-10-25 22:30:46
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

I远方O

木虫 (正式写手)
引用回帖:
29楼: Originally posted by hkyg at 2016-10-25 22:30:46
想问一下楼主，为什么我用做的RDF曲线 都不光滑，您这曲线有经过后续处理吗？还是RDF直接算出来的。分子数量有多少？

直接算的，没有任何处理~
不过我的set包含的原子较多，我觉得应该有center of mass作为set
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

诚敬谦和023
30楼2016-10-27 09:34:53
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

193kk

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我也想知道，一起学习下
赞一下 回复此楼
31楼2017-04-05 17:37:02
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小该比

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
做RDF的时候 set只能选择原子嘛？选择分子它就会提示没有工作的粒子，请问楼主是怎么做的啊

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
32楼2017-06-26 17:45:45
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

SuperPeter

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
您好  你的图像是自己画的吗  怎么那么光滑

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
33楼2018-07-14 09:28:47
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

诚敬谦和023

铜虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送红花一朵
引用回帖:
30楼: Originally posted by I远方O at 2016-10-27 09:34:53
直接算的，没有任何处理~
不过我的set包含的原子较多，我觉得应该有center of mass作为set...

请问下楼主，这个  参考原子  默认就是 center of mass 吗？还是需要手动设置呀？需要我们自己设置的话，楼主可否指点一二   或者 发个教程 呢？
赞一下 回复此楼
34楼2019-07-06 19:06:42
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lzcdoudou

金虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
30楼: Originally posted by I远方O at 2016-10-27 09:34:53
直接算的，没有任何处理~
不过我的set包含的原子较多，我觉得应该有center of mass作为set...

楼主，请问一下如何同时创建多个分子基团的质心
赞一下 回复此楼
37楼2020-02-13 18:43:28
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

傲傲的

新虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
35楼: Originally posted by I远方O at 2019-07-24 15:34:04
默认的不是center of mass。
com需要自己去设置的。
选中所有原子，软件可以计算出com的，选中com就可以...

楼主想请问下，center of mass 这个质心应该如何计算或者设置啊
赞一下 回复此楼
38楼2020-04-21 01:07:26
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

傲傲的

新虫 (著名写手)
引用回帖:
36楼: Originally posted by 诚敬谦和023 at 2019-08-15 12:36:41
多谢，已经解决。但是现在我做出的曲线一点都不光滑，我是设置COM为SET1, 另外一个粒子为SET2，直接计算的RDF，是这样的吗？...

想请教下center of mass 应该如何计算和设置啊，谢谢啦
赞一下 回复此楼
39楼2020-04-21 01:08:05
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
tan9142楼
2016-04-07 23:44   回复  
I远方O(金币+2): 谢谢参与
jixiangbao3楼
2016-04-07 23:49   回复  
I远方O(金币+2): 谢谢参与
longwave4楼
2016-04-08 00:07   回复  
I远方O(金币+2): 谢谢参与
祝福 发自小木虫Android客户端
shinesun985楼
2016-04-08 01:34   回复  
I远方O(金币+2): 谢谢参与
4084468536楼
2016-04-08 02:30   回复  
I远方O(金币+2): 谢谢参与
发自小木虫Android客户端
退化or进化7楼
2016-04-08 04:47   回复  
I远方O(金币+2): 谢谢参与
bluesky20029楼
2016-04-08 06:05   回复  
I远方O(金币+2): 谢谢参与
tzynew10楼
2016-04-08 06:10   回复  
I远方O(金币+2): 谢谢参与
Anita_123411楼
2016-04-08 06:27   回复  
I远方O(金币+2): 谢谢参与
dingsuanglin12楼
2016-04-08 06:35   回复  
I远方O(金币+2): 谢谢参与
顶 发自小木虫Android客户端
chlq314101a13楼
2016-04-08 07:19   回复  
I远方O(金币+2): 谢谢参与
时霞14楼
2016-04-08 07:27   回复  
I远方O(金币+2): 谢谢参与
。 发自小木虫Android客户端
张大大%%%15楼
2016-04-08 07:53   回复  
I远方O(金币+2): 谢谢参与
jiechen16楼
2016-04-08 07:58   回复  
I远方O(金币+2): 谢谢参与
祝福
laom201317楼
2016-04-08 08:00   回复  
I远方O(金币+2): 谢谢参与
miaojiabing18楼
2016-04-08 08:10   回复  
I远方O(金币+2): 谢谢参与
xhmaohan19楼
2016-04-08 08:13   回复  
I远方O(金币+2): 谢谢参与
天涯201220楼
2016-04-08 08:13   回复  
I远方O(金币+2): 谢谢参与
咏岚9121楼
2016-04-08 08:14   回复  
I远方O(金币+2): 谢谢参与
xiaofeishen22楼
2016-04-08 08:24   回复  
I远方O(金币+2): 谢谢参与
顶 发自小木虫IOS客户端
renqingyao23楼
2016-04-08 08:24   回复  
I远方O(金币+2): 谢谢参与
祝福
qqllqq24楼
2016-04-08 08:33   回复  
I远方O(金币+2): 谢谢参与
zhenwuhuang25楼
2016-04-08 08:36   回复  
I远方O(金币+2): 谢谢参与
nono200926楼
2016-04-08 08:38   回复  
I远方O(金币+2): 谢谢参与
zhaoyan197827楼
2016-04-08 08:39   回复  
鑫鑫000128楼
2016-04-08 10:10   回复  
相关版块跳转 我要订阅楼主 I远方O 的主题更新
391/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复(可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭