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I远方O

木虫 (正式写手)

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虫号: 900589

[交流] MS计算混合物中不同组分的RDF

虫友们好，

目前正在用MD计算一混合物中两组分间的RDF关系。

系统如下：用Amorphous cell建立一盒子，其中有A和B分子，A分子为CxHyOz，B分子为CaHbNc，均为大分子，原子数较多，按一定比例混合。

在得到的结构中跑1ns的NVT。

然后选中A的所有原子为Set 1， B的所有原子为Set 2，用Forcite的RDF模块计算如下图所示。

想请教下：
（1）能不能这样设置Set，是选取其中所有的同一个原子，比如O或者N，作为一个Set，还是可以和我这样，选去A或者B中所有的原子作为一个Set？
（2）选取A中所有的原子为一个Set后，计算RDF的算法是什么，是所有原子的平均还是质心？也就是说，我还需要设定A分子或者B分子的质心作为Set重新计算吗？
（3）如果我想分子A分子的聚集现象，此时Set 选项卡我都选择的是Set1 and Set 1，能否选用Include intra/intermolecular components？
      我发现如果不选，就如下图1所示，貌似1.2A 左右的峰显示的是键长吧，应该不对？
      如果我选了Include intra/intermolecular components，之后选择inter 的图像，就如图2 所示了. 这个还算是自聚集现象吗？
      Intra/inter molecular到底是什么意思，哪个是用来分析自聚集的呢？

谢谢大家的指导~

Fig.1 Total RDF for Set 1-Set 1