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I远方O

木虫 (正式写手)

[交流] MS计算混合物中不同组分的RDF

虫友们好，

目前正在用MD计算一混合物中两组分间的RDF关系。

系统如下：用Amorphous cell建立一盒子，其中有A和B分子，A分子为CxHyOz，B分子为CaHbNc，均为大分子，原子数较多，按一定比例混合。

在得到的结构中跑1ns的NVT。

然后选中A的所有原子为Set 1， B的所有原子为Set 2， 用Forcite的RDF模块计算如下图所示。

想请教下：
（1）能不能这样设置Set，是选取其中所有的同一个原子，比如O或者N，作为一个Set，还是可以和我这样，选去A或者B中所有的原子作为一个Set？
（2）选取A中所有的原子为一个Set后，计算RDF的算法是什么，是所有原子的平均还是质心？也就是说，我还需要设定A分子或者B分子的质心作为Set重新计算吗？
（3）如果我想分子A分子的聚集现象，此时Set 选项卡我都选择的是Set1 and Set 1，能否选用Include intra/intermolecular components？
         我发现如果不选，就如下图1所示，貌似1.2A 左右的峰显示的是键长吧，应该不对？
         如果我选了Include intra/intermolecular components， 之后选择inter 的图像，就如图2 所示了. 这个还算是自聚集现象吗？
         Intra/inter molecular到底是什么意思，哪个是用来分析自聚集的呢？

谢谢大家的指导~

MS计算混合物中不同组分的RDF
Fig.1 Total RDF for Set 1-Set 1


MS计算混合物中不同组分的RDF-1
Fig. 2 Inter RDF for Set 1-Set 1
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1楼2016-04-07 23:24:44
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I远方O

木虫 (正式写手)
引用回帖:
34楼: Originally posted by 诚敬谦和023 at 2019-07-06 19:06:42
请问下楼主，这个  参考原子  默认就是 center of mass 吗？还是需要手动设置呀？需要我们自己设置的话，楼主可否指点一二   或者 发个教程 呢？...

默认的不是center of mass。
com需要自己去设置的。
选中所有原子，软件可以计算出com的，选中com就可以
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35楼2019-07-24 15:34:04
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诚敬谦和023

铜虫 (小有名气)
★
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引用回帖:
35楼: Originally posted by I远方O at 2019-07-24 15:34:04
默认的不是center of mass。
com需要自己去设置的。
选中所有原子，软件可以计算出com的，选中com就可以...

多谢，已经解决。但是现在我做出的曲线一点都不光滑，我是设置COM为SET1, 另外一个粒子为SET2，直接计算的RDF，是这样的吗？
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36楼2019-08-15 12:36:41
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tableman

木虫之王 (文学泰斗)
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祝福楼主了。
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8楼2016-04-08 05:35:33
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hkyg

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
想问一下楼主，为什么我用做的RDF曲线 都不光滑，您这曲线有经过后续处理吗？还是RDF直接算出来的。分子数量有多少？
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29楼2016-10-25 22:30:46
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I远方O

木虫 (正式写手)
引用回帖:
29楼: Originally posted by hkyg at 2016-10-25 22:30:46
想问一下楼主，为什么我用做的RDF曲线 都不光滑，您这曲线有经过后续处理吗？还是RDF直接算出来的。分子数量有多少？

直接算的，没有任何处理~
不过我的set包含的原子较多，我觉得应该有center of mass作为set
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诚敬谦和023
30楼2016-10-27 09:34:53
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193kk

金虫 (小有名气)
★
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我也想知道，一起学习下
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31楼2017-04-05 17:37:02
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小该比

新虫 (初入文坛)
★
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做RDF的时候 set只能选择原子嘛？选择分子它就会提示没有工作的粒子，请问楼主是怎么做的啊

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32楼2017-06-26 17:45:45
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SuperPeter

新虫 (初入文坛)
★
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您好  你的图像是自己画的吗  怎么那么光滑

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33楼2018-07-14 09:28:47
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诚敬谦和023

铜虫 (小有名气)
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引用回帖:
30楼: Originally posted by I远方O at 2016-10-27 09:34:53
直接算的，没有任何处理~
不过我的set包含的原子较多，我觉得应该有center of mass作为set...

请问下楼主，这个  参考原子  默认就是 center of mass 吗？还是需要手动设置呀？需要我们自己设置的话，楼主可否指点一二   或者 发个教程 呢？
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34楼2019-07-06 19:06:42
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lzcdoudou

金虫 (初入文坛)
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引用回帖:
30楼: Originally posted by I远方O at 2016-10-27 09:34:53
直接算的，没有任何处理~
不过我的set包含的原子较多，我觉得应该有center of mass作为set...

楼主，请问一下如何同时创建多个分子基团的质心
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37楼2020-02-13 18:43:28
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傲傲的

新虫 (著名写手)
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35楼: Originally posted by I远方O at 2019-07-24 15:34:04
默认的不是center of mass。
com需要自己去设置的。
选中所有原子，软件可以计算出com的，选中com就可以...

楼主想请问下，center of mass 这个质心应该如何计算或者设置啊
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38楼2020-04-21 01:07:26
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傲傲的

新虫 (著名写手)
引用回帖:
36楼: Originally posted by 诚敬谦和023 at 2019-08-15 12:36:41
多谢，已经解决。但是现在我做出的曲线一点都不光滑，我是设置COM为SET1, 另外一个粒子为SET2，直接计算的RDF，是这样的吗？...

想请教下center of mass 应该如何计算和设置啊，谢谢啦
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39楼2020-04-21 01:08:05
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tan9142楼
2016-04-07 23:44   回复  
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jixiangbao3楼
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shinesun985楼
2016-04-08 01:34   回复  
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4084468536楼
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chlq314101a13楼
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